r - 更改 R 图中的颜色顺序（避免淡黄色）

Question

我在曼哈顿图中绘制 R 中的数据，并且对于不同的数据子类别我有不同的颜色。不幸的是，我想在情节中明确的子类别之一是非常淡的黄色。有没有办法改变颜色的顺序只是为了避免那个子类别是黄色的，或者排除黄色？任何一种解决方案都行得通。

我当前的命令是这样的：

 plot(-log10(1-emp_dis_Fst(xdata[,"MEAN_FST_TAME_AGGRESSIVE"])), col=xdata$CHROM, pch=16)

在此先感谢您的帮助，

鲁巴尔

Answer 1

#Look at the color palette
palette()
#[1] "black"   "red"     "green3"  "blue"    "cyan"    "magenta" "yellow"  "gray" 

#change the palette
col.pal <- palette()
col.pal[7] <- "purple"
palette(col.pal)

#plot
plot(rnorm(10),col=1:10)

#reset the palette
palette("default")

Answer 2

你总是可以告诉 R 对待你的一类特殊：

plot(-log10(1-emp_dis_Fst(xdata[,"MEAN_FST_TAME_AGGRESSIVE"]))
     ,col=ifelse(xdata$CHROM==badCategory,"red",xdata$CHROM
     , pch=16)

这是一个简化的例子

x = rnorm(10)
y = rnorm(10)
colr = seq(from=1, to=5)

plot(x,y, col=colr)
plot(x,y, col=ifelse(colr==3, "purple", colr))