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我在 python 和networkx中遇到大型图形可视化问题。该图希望可视化是有向的，并且具有 215,000 的边和顶点集大小 从文档（链接在首页）很明显 networkx 支持使用matplotlib和 GraphViz 进行绘图。在matplotlib和networkx中绘制如下：

import 
networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
#Let g be a graph that I created
nx.draw(g)

之后我得到一个内存错误nx.draw(g)，之后你通常会做plt.show()或 plt.[some_function] 以一种格式保存文件以提高效率等等。

接下来我尝试了 GraphViz。从维基百科页面，dot格式用于有向图，我创建了一个点文件：

nx.write_dot(g, "g.dot")

这很好，我在当前目录中有一个 12 兆字节的点文件。接下来我运行dot程序（graphviz 的一部分以创建 postscript 文件）：

dot -Tps g.dot -o g.ps

这会降低我的计算机速度，运行几分钟，然后显示Killed在终端中。所以它永远无法执行......在阅读 graphviz 的文档时，似乎只支持无向图用于大型图形可视化。

问题：通过这两次不成功的尝试，谁能告诉我如何使用 python 和 networkx 来可视化我的大图，其中包含大约 215,000 个顶点和 215,000 个边？我怀疑与 Graphviz 一样，我将不得不输出为中间格式（尽管这不应该那么难，它不会像内置函数那样简单），然后使用另一个工具来读取中间格式，然后输出可视化.

所以，我正在寻找以下内容：

  1. 从networkx输出图到中间格式
  2. 使用新的包/软件/工具（最好是 python-interactive）读取中间格式并可视化大图

如果您需要更多信息，请告诉我！

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1 回答 1

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 from matplotlib import pylab
 import networkx as nx

 def save_graph(graph,file_name):
    #initialze Figure
    plt.figure(num=None, figsize=(20, 20), dpi=80)
    plt.axis('off')
    fig = plt.figure(1)
    pos = nx.spring_layout(graph)
    nx.draw_networkx_nodes(graph,pos)
    nx.draw_networkx_edges(graph,pos)
    nx.draw_networkx_labels(graph,pos)

    cut = 1.00
    xmax = cut * max(xx for xx, yy in pos.values())
    ymax = cut * max(yy for xx, yy in pos.values())
    plt.xlim(0, xmax)
    plt.ylim(0, ymax)

    plt.savefig(file_name,bbox_inches="tight")
    pylab.close()
    del fig

#Assuming that the graph g has nodes and edges entered
save_graph(g,"my_graph.pdf")

#it can also be saved in .svg, .png. or .ps formats

这回答了你的第一个问题。Networkx 没有放大节点的功能。使用 Gephi 来实现这个功能。Gephi 接受 CSV 格式的边缘列表并生成可视化，其中可以交互地进行缩放。

于 2013-06-30T08:44:32.527 回答