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我正在尝试使用以下代码读取 matlab 文件

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat('test.mat')

它给了我以下错误

raise NotImplementedError('Please use HDF reader for matlab v7.3 files')
NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files

所以任何人都可以遇到同样的问题并且可以取悦任何示例代码

谢谢

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9 回答 9

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尝试使用 h5py模块

import h5py
with h5py.File('test.mat', 'r') as f:
    f.keys()
于 2013-06-26T09:57:17.420 回答
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我创建了一个小库来加载 MATLAB 7.3 文件:

pip install mat73

要将.mat7.3 作为字典加载到 Python 中:

import mat73
data_dict = mat73.loadmat('data.mat')

就那么简单!

于 2019-12-17T10:27:08.017 回答
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import h5py
import numpy as np
filepath = '/path/to/data.mat'
arrays = {}
f = h5py.File(filepath)
for k, v in f.items():
    arrays[k] = np.array(v)

arrays我怀疑,除非你有 MATLAB 结构,否则你最终应该在 dict 中得到你的数据。希望能帮助到你!

于 2017-02-01T13:20:19.250 回答
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根据Magu_ 在相关线程上的回答,查看具有读取 v7.3 matlab mat 文件的便利功能的包hdf5storage ;它很简单

import hdf5storage
mat = hdf5storage.loadmat('test.mat')
于 2017-11-04T21:33:58.070 回答
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我看过这个问题:https ://github.com/h5py/h5py/issues/726 。如果您使用-v7.3选项保存了 mat 文件,您应该使用(在 Python 3.x 下)生成键列表:

import h5py
with h5py.File('test.mat', 'r') as file:
    print(list(file.keys()))

例如,为了访问变量a,您必须使用相同的技巧:

with h5py.File('test.mat', 'r') as file:
    a = list(file['a'])
于 2017-09-21T12:35:23.650 回答
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根据 Scipy 食谱。http://wiki.scipy.org/Cookbook/Reading_mat_files

从 Matlab 7.3 版开始,mat 文件实际上默认使用 HDF5 格式保存(除非您在保存时使用 -vX 标志,请参阅 Matlab 中的保存帮助)。这些文件可以在 Python 中读取,例如,使用 PyTables 或 h5py 包。目前似乎不支持在 mat 文件中读取 Matlab 结构。

也许您可以使用 Octave 使用 -vX 标志重新保存。

于 2015-06-17T00:10:27.790 回答
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尽管搜索了数小时,我也没有找到如何访问 Matlab v7.3 结构。希望这个部分答案会对某人有所帮助,我很高兴看到额外的指针。

因此,从(我认为 [0][0] 来自于 Matlab 将所有内容赋予维度)开始:

f = h5py.File('filename', 'r')
f['varname'][0][0]

给出:< HDF5 对象参考 >

再次将此引用传递给 f:

f[f['varname'][0][0]]

它给出了一个数组:将其转换为一个 numpy 数组并提取值(或者,递归地,另一个 < HDF5 object reference > :

np.array(f[f['varname'][0][0]])[0][0]

如果访问磁盘很慢,那么加载到内存可能会有所帮助。


进一步编辑:经过多次徒劳搜索我的最终解决方法(我真的希望其他人有更好的解决方案!)从 python 调用 Matlab,这非常简单快捷:

eng = matlab.engine.start_matlab()  # first fire up a Matlab instance
eng.quit()
eng = matlab.engine.connect_matlab()  # or connect to an existing one
eng.sqrt(4.0)
x = 4.0
eng.workspace['y'] = x
a = eng.eval('sqrt(y)')
print(a)
x = eng.eval('parameterised_function_in_Matlab(1, 1)', nargout=1)
a = eng.eval('Structured_variable{1}{2}.object_name')  # (nested cell, cell, object)
于 2019-02-13T17:19:02.877 回答
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此函数读取 Matlab 生成的 HDF5 .mat 文件,并返回 Numpy 数组的嵌套字典结构。Matlab 以 Fortran 顺序编写矩阵,因此这也将矩阵和高维数组转置为传统的 Numpy 顺序arr[..., page, row, col]

import h5py

def read_matlab(filename):
    def conv(path=''):
        p = path or '/'
        paths[p] = ret = {}
        for k, v in f[p].items():
            if type(v).__name__ == 'Group':
                ret[k] = conv(f'{path}/{k}')  # Nested struct
                continue
            v = v[()]  # It's a Numpy array now
            if v.dtype == 'object':
                # HDF5ObjectReferences are converted into a list of actual pointers
                ret[k] = [r and paths.get(f[r].name, f[r].name) for r in v.flat]
            else:
                # Matrices and other numeric arrays
                ret[k] = v if v.ndim < 2 else v.swapaxes(-1, -2)
        return ret

    paths = {}
    with h5py.File(filename, 'r') as f:
        return conv()
于 2019-09-20T10:04:36.830 回答
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如果您只阅读基本数组和结构,请参阅 vikrantt在类似帖子中的回答。但是,如果您使用的是 Matlab ,那么恕我直言,最好的解决方案是完全避免该选项。tablesave

我创建了一个简单的辅助函数来将 Matlab 转换table为标准的 hdf5 文件,并在 Python 中创建了另一个辅助函数来将数据提取到 PandasDataFrame中。

Matlab 辅助函数

function table_to_hdf5(T, path, group)
%TABLE_TO_HDF5 Save a Matlab table in an hdf5 file format
%
%    TABLE_TO_HDF5(T) Saves the table T to the HDF5 file inputname.h5 at the root ('/')
%    group, where inputname is the name of the input argument for T
%
%    TABLE_TO_HDF5(T, path) Saves the table T to the HDF5 file specified by path at the
%    root ('/') group.
%
%    TABLE_TO_HDF5(T, path, group) Saves the table T to the HDF5 file specified by path
%    at the group specified by group.
%
%%%

if nargin < 2
    path = [inputname(1),'.h5'];  % default file name to input argument
end
if nargin < 3
    group = '';  % We will prepend '/' later, so this is effectively root
end

for field = T.Properties.VariableNames
    % Prepare to write
    field = field{:};
    dataset_name = [group '/' field];
    data = T.(field);
    if ischar(data) || isstring(data)
        warning('String columns not supported. Skipping...')
        continue
    end
    % Write the data
    h5create(path, dataset_name, size(data))
    h5write(path, dataset_name, data)
end

end

Python 辅助函数

import pandas as pd
import h5py


def h5_to_df(path, group = '/'):
"""
Load an hdf5 file into a pandas DataFrame
"""
    df = pd.DataFrame()
    with h5py.File(path, 'r') as f:
        data = f[group]
        for k,v in data.items():
            if v.shape[0] > 1:  # Multiple column field
                for i in range(v.shape[0]):
                    k_new = f'{k}_{i}'
                    df[k_new] = v[i]
            else:
                df[k] = v[0]
    return df

重要笔记

  • 这仅适用于数字数据。如果您知道如何添加字符串数据,请发表评论。
  • 如果该文件尚不存在,这将创建该文件。
  • 如果文件中已经存在数据,这将崩溃。您将希望在您认为合适的情况下包含处理这些情况的逻辑。
于 2021-04-03T16:18:31.200 回答