我最近继承了一个大型移动应用程序，我希望改进的一件事是它的安装/更新过程。目前，公司的政策是，每当发布新版本时，我们都会发布一个新的 CAB 文件，并将其手动复制到运行它的每个 PDA 上。这还包括手动复制 SQL Server Compact 和 Compact Framework 3.5 的 CAB 文件。
我正在用一个小的引导加载程序应用程序替换它，它将与我们的服务器检查应用程序中的更新等内容，但也会检查是否安装了紧凑框架和 SQL Server 紧凑型（如果没有，将从中获取 CAB 文件服务器并安装它们）。许多较新的 Windows Mobile 6.5 设备都安装了 Compact Framework 3.5，但不是全部。我希望这个引导加载程序几乎可以在任何设备上运行，因此考虑到这一点，在本机代码 (c++) 或 Compact Framework 1.0 中执行此操作会更可靠吗？是否有一些设备根本不附带 CF？
如果您想安全起见，您应该编写一个原生 C (Win32 WIN_CE) 应用程序来检查更新。Windows CE 带有一个自动启动功能，它会自动在不同的目录中为不同的处理器类型查找名为 autorun.exe 的文件。例如：如果您有 ARM 设备，操作系统将查看 %Volume%\2577\autorun.exe（另请参见此处）。如果设备有 SH3 处理器，调用将是 %volume%\10005\AutoRun.exe。仅当您也计划支持非 ARM 处理器类型系统时才需要使用上述内容。
使用 autorun.exe 将使您能够自动设置或更新设备。您可以为不同的处理器共享相同的代码。AutoRun 使您能够编写“引导”安装和更新。
如果您面对的设备和操作系统版本更有限，您可能会限制支持的处理器类型（可能仅支持与 StrongARM 兼容的设备）。可能您还可以隐式假设设备上至少有 .NET Compact Framework 1.1 可用。
对于 Windows CE（现在的 Windows Embedded Compact），是否要包含 CompactFramework 完全取决于设备制造商。然而，对于 Windows Mobile 6，CF 2.0 SP2 预装了操作系统（所以我相信 6.5 也应该有它）。我相信您可以为它编写 .NET CF 2.0 代码并让它运行。
就本机代码而言，要记住的一件事是，如果您有不同的处理器架构，那么您就不能拥有相同的本机代码，例如 x86 和 ARM。但是，我再次认为 Windows Mobile 6 仅支持 ARM 处理器，所以我也不确定这是否会成为问题。
我想你可以使用任何一个。