我是编码新手,在尝试制作自己的 fastq 掩码器时遇到了麻烦。第一个模块应该用 + 修剪行,将序列标题(以 > 开头)修改为行号,同时保留序列和质量行(分别为 A、G、C、T 行和 Unicode 分数) .
class Import_file(object):
def trim_fastq (self, fastq_file):
f = open('path_to_file_a', 'a' )
sanger = []
sequence = []
identifier = []
plus = []
f2 = open('path_to_file_b')
for line in f2.readlines():
line = line.strip()
if line[0]=='@':
identifier.append(line)
identifier.replace('@%s','>[i]' %(line))
elif line[0]==('A' or 'G'or 'T' or 'U' or 'C'):
seq = ','.join(line)
sequence.append(seq)
elif line[0]=='+'and line[1]=='' :
plus.append(line)
remove_line = file.writelines()
elif line[0]!='@' or line[0]!=('A' or 'G'or 'T' or 'U' or 'C') or line[0]!='+' and line[1]!='':
sanger.append(line)
else:
print("Danger Will Robinson, Danger!")
f.write("'%s'\n '%s'\n '%s'" %(identifier, sequence, sanger))
f.close()
return (sanger,sequence,identifier,plus)
现在我的问题。我已经运行了这个并且没有出现错误,但是目标文件是空的。我想知道我做错了什么......是我处理列表的方式还是缺少.join?如果这是重复的,我很抱歉。只是我不知道这里有什么错误。另外,重要的注意事项...这不是一些家庭作业,我只需要一个掩蔽器来工作...非常感谢您提供任何帮助,并欢迎所有提及改进代码的内容。谢谢。
注意(fastq 格式):
@SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50
TTGCCTGCCTATCATTTTAGTGCCTGTGAGGTGGAGATGTGAGGATCAGT
+
hhhhhhhhhhghhghhhhhfhhhhhfffffe`ee[`X]b[d[ed`[Y[^Y
编辑:仍然无法得到任何东西,但正在努力。