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我有一个包含 24 个 PAIR 文件的列表。我想将每个 PAIR 文件与一个 NDF 文件合并，生成 24 个合并的 pair-ndf 文件。目的是编写每个合并文件以从文件中提取信息以创建 XYS 文件。但是，在这里，我试图执行一个循环函数来将 NDF 文件与 24 个 PAIR 文件中的每一个文件合并。 

#read in files
allfilesList=lapply(list.files(), read.delim, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)

#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#1
for(file in allfileslist){
if(!exists("dataset")){
dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)
}
for(file in allfileslist){
if(exists("dataset")){
temp_dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t")
dataset=merge(file, ndf, by="PROBE_ID", temp_dataset)
rm(temp_dataset)
}
}
#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#2
for(i in 1:length(allfileslist)){
readnmerge=read.delim(file=paste(getwd(), allfileslist[i], sep="\t"), header=T)
dataMerge=merge(readnmerge, ndf, by="PROBE_ID")
}

但是，这两种情况似乎都只迭代一个文件，并且 IMAGE_ID 是每个 PAIR 文件中的第一列。

我会继续努力。虽然，如果有人可以提出更好的方法，请回复。问候，富兰克林

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1 回答 1

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已经有一段时间了，所以我想我可以帮助回答我自己的问题。另外，我在 Bioconductor 中找到了 pdInfoBuilder 和 Oligo 包。有一种方法可以使用 R 将 pair 转换为 xys 文件。我在这里找到了这篇文章： Manipulating multiple files in R 这非常有帮助。

于 2013-11-07T05:23:34.380 回答