python - 在 Python 中生成动态列表推导

Question

假设我有一个字母表：

A = ['A', 'T', 'C', 'G']

我想生成长度 n（n-mer）的所有可能组合。例如对于n=2: AA, AT, ..., GG. 为了让事情变得有趣，我正在尝试以动态方式使用列表推导生成这些。这在python中可能吗？唯一明显的方法是eval()动态使用和生成所需的字符串。但是，我很好奇是否有一种不那么笨重的方法。

Answer 1

长度为 2 的每一个可能都是 - （但你可能在 之后permutations，combinations或者combinations_with_replacement从itertools......）

from itertools import product

A = ['A', 'T', 'C', 'G']
print list(product(A, repeat=2))

[('A', 'A'), ('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'A'), ('T', 'T'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'A'), ('C', 'T'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'T'), ('G', 'C'), ('G', 'G')]

[(a,b) for a in A for b in A]如果您想要 3、4、1000 等，这相当于但更容易扩展......

Answer 2

>>> from itertools import combinations
>>> A = ['A', 'T', 'C', 'G']
>>> print list(combinations(A,2))
[('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'G')]

或者可能（以获得重复）：

>>> from itertools import combinations_with_replacement
>>> print list(combinations_with_replacement(A,2))
[('A', 'A'), ('A', 'T'), ('A', 'C'), ('A', 'G'), ('T', 'T'), ('T', 'C'), ('T', 'G'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'G')]

Answer 3

假设您不想要两者'AT'和'TA'，那么itertools.combinations_with_replacement()可能就是您要查找的内容：

>>> from itertools import combinations_with_replacement
>>> A = ['A', 'T', 'C', 'G']
>>> [''.join(x) for x in combinations_with_replacement(A, 2)]
['AA', 'AT', 'AC', 'AG', 'TT', 'TC', 'TG', 'CC', 'CG', 'GG']