16

我有一组包含 23 个变量的观察结果。

当我使用 prcomp 和 biplot 绘制结果时，我遇到了几个问题：

  1. 实际情节只占一半的帧（x < 0），但情节以0为中心，所以浪费了一半的空间

  2. 两个变量明显支配了结果，所以所有其他箭头都聚集在一起，我什么也看不懂

广告 1. 我尝试设置 xlim 和/或 ylim，但显然我做错了什么，因为当我这样做时情节全乱了

广告 2. 我可以以某种方式将箭头标签分开放置以便我可以阅读它们吗？或者也许我可以只绘制没有两个最长箭头的箭头（放大）？

我的 PCA 图

附录：是否可以让 biplot 以与箭头不同的颜色绘制标签？

另外：如果 x 和 y 轴不成比例，是否会出现问题（它们在 x 和 y 上显示不同长度的间隔）。我认为这会扭曲箭头之间的天使，而这种调整大小不是相似转换。是否可以强制 biplot 保持 1:1 的纵横比，或者将绘图绘制为矩形而不是正方形？

4

1 回答 1

26

我认为您可以使用xlimand ylim。另外，请expand查看?biplot. 不幸的是，您没有提供任何数据，所以让我们获取一些示例数据：

a <- princomp(USArrests)

在刚刚调用的结果下方biplot：

biplot(a)

在此处输入图像描述

现在可以“放大”以仔细查看“谋杀”和“强奸”，使用xlimandylim并使用以下缩放参数expand：?biplot

biplot(a, expand=10, xlim=c(-0.30, 0.0), ylim=c(-0.1, 0.1))

在此处输入图像描述

请注意由于该expand因素，上轴和右轴的缩放比例不同。

这是否有助于使您的情节变得可读？

编辑

您还询问是否可以为标签和箭头设置不同的颜色。biplot不支持这一点，您可以做的是复制代码stats:::biplot.default然后根据您的需要进行更改（使用col时更改参数plot，axis和text）。

或者，您可以使用ggplot双标图。在这里的帖子中，实现了一个简单的 biplot 函数。您可以按如下方式更改代码：

PCbiplot <- function(PC, x="PC1", y="PC2", colors=c('black', 'black', 'red', 'red')) {
    # PC being a prcomp object
    data <- data.frame(obsnames=row.names(PC$x), PC$x)
    plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3, aes(label=obsnames), color=colors[1])
    plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2, color=colors[2])
    datapc <- data.frame(varnames=rownames(PC$rotation), PC$rotation)
    mult <- min(
        (max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))),
        (max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x])))
        )
    datapc <- transform(datapc,
            v1 = .7 * mult * (get(x)),
            v2 = .7 * mult * (get(y))
            )
    plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2, label=varnames), size = 5, vjust=1, color=colors[3])
    plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color=colors[4])
    plot
}

绘制如下：

fit <- prcomp(USArrests, scale=T)
PCbiplot(fit, colors=c("black", "black", "red", "yellow"))

在此处输入图像描述

如果你稍微玩一下这个函数，我相信你可以弄清楚如何设置xlim和ylim值等。

于 2013-06-12T12:14:17.027 回答