python-2.7 - 操作 .hdr 图像文件 (MRI)

Question

我有一个 .hdr 文件，其中包含从 MRI 扫描中获取的图像数据。

现在我需要知道如何操作这些类型的文件以使用 python 对它们进行图像处理（例如 3d 中值滤波，将一个图像除以另一个图像）。

Answer 1

一个更轻量级的解决方案是使用该nibabel库：

http://nipy.org/nibabel/

如您所见，它与 nipy 共享许多功能（以及开发人员......），但它是纯 python 并且实际上仅用于进行神经影像数据格式 I/O

Answer 2

我想出了一个解决方案：您可以使用 nipy 模块。这样您就可以使用它来加载 .hdr 文件（假设 .img 文件位于同一路径中），然后您可以将其另存为不同的文件，特别是 .nii，这会将它们组合在一起。这样，您可以让 numpy 将其视为 ndarray，瞧，现在可以进行图像处理了！（只需确保从图像中加载数据，以便您可以将其视为 numpy 数组）参见此处

Answer 3

您可以使用 python 中的 nibabel 库在 python 中加载 .hdr 和 .img 图像。这是链接 - https://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.html#module-nibabel

要加载 .hdr 和 .img 图像，请使用以下代码。

import nibabel as nb
img = nb.load("file.img")
hdr = nb.load("file.hdr")

您可以使用 matplotlib 绘制 .img 文件并打印“hdr”的内容以检查元数据。

此外，必须注意，“img”也是一个颠簸的内存映射文件，您可以像处理 ndarray 一样操作它。