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我正在将以下包加载到 R 中：

library(foreach)
library(doParallel)
library(iterators)

我“并行化”代码很长一段时间，但最近我在代码运行时遇到了间歇性停止。错误是：

Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

我有根据的猜测是，我使用以下命令打开的连接可能已过期：

## Register Cluster
##
cores<-8
cl <- makeCluster(cores)
registerDoParallel(cl)

查看 makeCluster 手册页，我看到默认情况下连接仅在 30 天后过期！我可以设置 options(error=recover) 以便在代码停止时即时检查连接是否打开，但我决定之前发布这个一般性问题。

重要的：

1）错误确实是间歇性的，有时我重新运行相同的代码并且没有错误。2）我在同一台多核机器（Intel/8 核）上运行所有东西。所以这不是集群之间的通信（网络）问题。3) 我是笔记本电脑和台式机（64 核）上 CPU 和 GPU 并行化的重度用户，不幸的是，这是我第一次遇到此类错误。

有人有相同类型的错误吗？

根据要求，我提供了我的 sessionInfo()：

> sessionInfo()
R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] TTR_0.22-0       xts_0.9-3        doParallel_1.0.1 iterators_1.0.6  foreach_1.4.0    zoo_1.7-9        Revobase_6.2.0   RevoMods_6.2.0  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_2.15.3 grid_2.15.3     lattice_0.20-13 tools_2.15.3

@SeteveWeston，在其中一个调用中的错误下方（同样是间歇性的）：

starting worker pid=8808 on localhost:10187 at 15:21:52.232
starting worker pid=5492 on localhost:10187 at 15:21:53.624
starting worker pid=8804 on localhost:10187 at 15:21:54.997
starting worker pid=8540 on localhost:10187 at 15:21:56.360
starting worker pid=6308 on localhost:10187 at 15:21:57.721
starting worker pid=8164 on localhost:10187 at 15:21:59.137
starting worker pid=8064 on localhost:10187 at 15:22:00.491
starting worker pid=8528 on localhost:10187 at 15:22:01.855
Error in unserialize(node$con) : 
  ReadItem: unknown type 0, perhaps written by later version of R
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted

添加更多信息。我设置了 options(error=recover) 并提供了以下信息：

Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: #51: parallelize(FUN = "ensemble.prism", arg = list(prism = iis.long, instances = oos.instances), vectorize.arg = c("prism", "instances"), cores = cores, .export 
2: parallelize.R#58: foreach.bind(idx = i) %dopar% pFUN(idx)
3: e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data)
4: clusterCall(cl, workerInit, c.expr, exportenv, obj$packages)
5: sendCall(cl[[i]], fun, list(...))
6: postNode(con, "EXEC", list(fun = fun, args = args, return = return, tag = tag))
7: sendData(con, list(type = type, data = value, tag = tag))
8: sendData.SOCKnode(con, list(type = type, data = value, tag = tag))
9: serialize(data, node$con)

Selection: 9

我试图检查连接是否仍然可用，并且有：

Browse[1]> showConnections()
   description                class      mode  text     isopen   can read can write
3  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
4  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
5  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
6  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
7  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
8  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
9  "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
10 "<-www.007guard.com:10187" "sockconn" "a+b" "binary" "opened" "yes"    "yes"    
Browse[1]>

由于连接已打开并且错误 0 表示 R 版本（正如@SteveWeston 所指出的那样），我真的无法弄清楚这里发生了什么。

编辑1：

我解决问题的方法

就传递给函数的参数而言，代码很好。因此，@MichaelFilosi 提供的答案并没有带来太多好处。无论如何，非常感谢您的回答！

我无法确切地找到呼叫出了什么问题，但至少我可以解决这个问题。

诀窍是将每个并行线程的函数调用参数分解成更小的块。

神奇地错误消失了。

让我知道这是否对您有用！

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6 回答 6

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This is most likely due to running out of memory (see my blog post for details). Here's an example how you can cause this error:

> a <- matrix(1, ncol=10^4*2.1, nrow=10^4)
> cl <- makeCluster(8, type = "FORK")
> parSapply(cl, 1:8, function(x) {
+   b <- a + 1
+   mean(b)
+   })
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
于 2015-08-03T14:00:00.447 回答
3

我在这个问题上苦苦挣扎了很长一段时间，并且能够通过使用.packages=c("ex1","ex2"). 以前我刚刚require("ex1")在循环中使用过，这似乎是我的错误的根本原因。

总的来说，我只是确保你将所有可能的东西都移到 foreach 参数中，以避免这些类型的错误。

于 2015-02-11T17:53:53.583 回答
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我在 unserialize(node$con) 中遇到了类似的错误错误：从连接读取错误

我发现它是调用 C 函数槽中缺少的参数.Call() 也许它可以提供帮助！

于 2013-09-20T10:22:58.510 回答
1

foreach我在使用doSNOW后端时遇到了同样的错误。

超时后我收到与操作相同的错误，但是在不使用foreach任何错误的情况下运行任务时将返回。

显然，任务管理器可以由于多种原因杀死进程，而不仅仅是内存不足。

在我的特殊情况下，问题似乎出在核心温度上。减少 cpu 核心数并进行sys.sleep()调用使系统运行更凉爽，并且错误停止出现。

可能值得一试。

于 2019-07-05T05:37:19.727 回答
1

我有同样的问题，我怀疑这是一个内存问题。我的代码很简单：

library(doParallel)
library(foreach)
cl <- makeCluster(2, outfile='LOG.TXT')
registerDoParallel(cl)
res <- foreach(x=1:10) %dopar% x

我收到以下错误消息LOG.TXT：

starting worker pid=13384 on localhost:11776 at 18:25:29.873
starting worker pid=21668 on localhost:11776 at 18:25:30.266
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> ... doTryCatch -> recvData -> recvData.SOCKnode -> unserialize
Execution halted

该程序仍然有效，所以我暂时忽略了它。但是，在日志文件中看到这些错误，我总是感到不舒服。

于 2016-05-04T22:26:03.660 回答
0

在 Shiny 中，我通过写入并行代码中的 reactiveValues 对象导致了这个错误

于 2017-04-10T17:28:24.347 回答