R 中的 for 循环非常慢,但我不知道如何实现以下目标的替代方法。
如此屏幕截图所示:
我希望输出格式如下所示:
> gene_id tss_id x y
其中,x = isosub$q1_FPKM / iso.agg$q1_FPKM // (correspond gene_id)
y = isosub$q2_FPKM / iso.agg$q2_FPKM
这是我的for
循环代码:
length = length(isosub$gene_id)
tmp = data.frame(isosub$gene_id, isosub$q1_FPKM, isosub$q2_FPKM)
j = 1
denominator_q1 = iso.agg$q1_FPKM[j]
denominator_q2 = iso.agg$q2_FPKM[j]
gene_id = isosub$gene_id
tmpq1 = tmp$isosub.q1_FPKM
tmpq2 = tmp$isosub.q2_FPKM
isoq1 = iso.agg$q1_FPKM
isoq2 = iso.agg$q2_FPKM
o2_q1 = rep(0, length)
o2_q2 = rep(0, length)
i = 0
for (i in 1:length){
if (gene_id[i+1] == gene_id[i]){
o2_q1[i] = tmpq1[i] / denominator_q1
o2_q2[i] = tmpq2[i] / denominator_q2
}else{
o2_q1[i] = tmpq1[i] / denominator_q1
o2_q2[i] = tmpq2[i] / denominator_q2
j = j + 1
denominator_q1 = isoq1[j]
denominator_q2 = isoq2[j]
}
}
当length = 1000
,system.time
表明:
> user system elapsed
> 55.74 0.00 56.45
而我的实际长度更大:13751。