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R 中的 for 循环非常慢，但我不知道如何实现以下目标的替代方法。

如此屏幕截图所示：

我希望输出格式如下所示：

> gene_id tss_id x y

其中，x = isosub$q1_FPKM / iso.agg$q1_FPKM // (correspond gene_id)

y = isosub$q2_FPKM / iso.agg$q2_FPKM

这是我的for循环代码：

length = length(isosub$gene_id)
tmp = data.frame(isosub$gene_id, isosub$q1_FPKM, isosub$q2_FPKM)
j = 1
denominator_q1 = iso.agg$q1_FPKM[j]
denominator_q2 = iso.agg$q2_FPKM[j]

gene_id = isosub$gene_id
tmpq1 = tmp$isosub.q1_FPKM
tmpq2 = tmp$isosub.q2_FPKM
isoq1 = iso.agg$q1_FPKM
isoq2 = iso.agg$q2_FPKM
o2_q1 = rep(0, length)
o2_q2 = rep(0, length)

i = 0

for (i in 1:length){
     if (gene_id[i+1] == gene_id[i]){
          o2_q1[i] = tmpq1[i] / denominator_q1
          o2_q2[i] = tmpq2[i] / denominator_q2
     }else{
          o2_q1[i] = tmpq1[i] / denominator_q1
          o2_q2[i] = tmpq2[i] / denominator_q2
          j = j + 1
          denominator_q1 = isoq1[j]
          denominator_q2 = isoq2[j]
     }
}

当length = 1000,system.time表明：

>    user  system elapsed 
>   55.74    0.00   56.45

而我的实际长度更大：13751。

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2 回答 2

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你想合并吗？

outdf <- merge(isosub[c("gene_id", "tss_id", "q1_FPKM", "q2_FPKM")],
               iso.agg[c("gene_id", "q1_FPKM", "q2_FPKM")],
               by="gene_id",
               suffix=c(".1", ".2"))
outdf$x <- outdf$q1_FPKM.1 / outdf$q1_FPKM.2
outdf$y <- outdf$q2_FPKM.1 / outdf$q2_FPKM.2
于 2013-06-07T09:24:12.357 回答
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如果您最终在这里寻找避免或加速循环的方法，请查看此答案： 加速 R 中的循环操作

它帮助我解决了我遇到的类似问题，并展示了保持必要循环但显着提高性能的方法。

于 2014-01-29T00:42:15.960 回答