r - 对所有样本进行 R 归一化，或者只是我需要的部分？

Question

我正在使用 edgeR 和 Limma 包来分析 RNA-seq 计数数据表。我只需要数据文件的一个子集，因此我的问题是：我是否需要在所有样本中规范化我的数据，还是先对我的数据进行子集化然后再规范化数据更好。

谢谢你。

问候丽莎娜

Answer 1

我认为这取决于您要证明/展示的内容。如果您还想考虑您的“暗计数”，那么您应该首先对其进行标准化，以便您还考虑实验失败的百分比。在这里，您的实验总数（好的和坏的结果）总计为 1。

如果您想找出“好事件”的分布，那么您应该首先生成好样本的子集，然后进行归一化。在这种情况下，您的好事件数总计为 1

所以再一次，这取决于你想证明什么。作为物理学家，我更喜欢第一种方法，因为我们不会删除坏数据点。

干杯 TL