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我有以下方式的矩阵：

         gene ids  A-B   A-C  A-D  B-C  B-D C-D

          GENE1     0     0    1    1    1   0
          GENE2     1     0    1    1    1   1
          GENE3     1     0    0    0    1   1
          GENE4     0     1    0    0    0   0

并希望将其拆分如下：对角线值将为空，因为上述矩阵是成对比较。

          Gene1
               A  B   C  D  
           A      0   0  1 
           B   0      1  1
           C   0  1      0
           D   1  1   0

以同样的方式处理所有基因。

我有超过 10000 个基因，无法手动完成。我尝试了几件事，但没有奏效。

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2 回答 2

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m <- structure(c(0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0), .Dim = c(4L, 6L), .Dimnames = list(c("GENE1", "GENE2", "GENE3", "GENE4"), c("A-B", "A-C", "A-D", "B-C", "B-D", "C-D")))

gene <- matrix(NA, ncol=4, nrow=4) # empty, template matrix
gene[upper.tri(gene)] <- m[1,]
gene[lower.tri(gene)] <- rev(m[1,])

## gene now contains the interaction matrix for GENE1.
于 2013-06-04T08:02:20.810 回答
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我建立在上面 MrGumble 的答案之上。他的解决方案的问题在于，R 的条目总是以列为主，因此我们可以用数据列填充下三角形，而不是上三角形。一种简单的方法是只使用下部，或者用下部的转置填充矩阵的上部。

m <- structure(c(0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0), .Dim = c(4L, 6L), .Dimnames = list(c("GENE1", "GENE2", "GENE3", "GENE4"), c("A-B", "A-C", "A-D", "B-C", "B-D", "C-D")))

gene <- matrix(0, ncol=4, nrow=4) # empty, template matrix
gene[lower.tri(gene)] <- m[4,]
gene <- gene + t(gene)
diag(gene) <- NA

（制作了这个社区维基，因为它不完全是我自己的答案）。

于 2013-06-04T08:20:36.283 回答