php - 在 PHP 中提取 DNA 序列的处理信息

Question

您好，专家助手，

这是我发布的第一个问题，我看到其他问题收到了很棒的答案。我的问题如下；

我想提取在处理与 DNA 序列（SNP：对每个 SNP 具有特定唯一 ID 的单个核苷酸多态性）相关的查询后给出的结果（输出），该网站提供处理的网站（例如 FASTSNP 网站）基于排名给定的 SNP，并能够将提取的结果存储在 MySQL 数据库中。有没有办法使用正则表达式或任何其他 PHP 和/或 Perl（out 命令来这样做？任何做过的人都可以帮助我。

先感谢您！

Answer 1

我会谦虚地建议您使用 perl。

WWW::Mechanize可以为您运行查询并获得结果。它有一个 submit_form 方法。链接页面上的简单示例（概要）向您展示了如何操作。

获得结果后，您可以使用sort以您需要的任何方式对结果进行排序。

还有很多很棒的数据库访问模块。

您能否发布一个您可能发送到 FASTSNP 站点的示例查询？

Answer 2

欢迎来到堆栈溢出！首先，我想第二个@amon。如果您有任何代码想法，请发布它们。否则，您应该提出一个更精确的问题。也就是说，无论如何我都会尝试给出答案，如果您提供任何进一步的规范，我可以更新它。

如果您正在使用序列，或者更一般地说，生物信息学，您绝对应该看看Bioperl。它带有用于生物信息学中最常用数据格式的接口，甚至带有与某些在线资源（包括数据库）的接口。然后通常有 Perl 模块与数据库交互，对于 SQL 数据库，我猜想SQL::DB可能是一个很好的起点，但到目前为止，我自己还没有使用过任何一个。