r - 在热图中重用颜色键

Question

我正在使用热图 2 生成热图，并且我想在不同的数据集中重用相同的颜色范围/键。

例如，我正在重复相同的实验，但在一次运行中，我的数据点在范围内[0, 10]，而在另一次运行中，数据点在范围内[0, 20]。目前，热图将映射red->white到[0, 10]和[0, 20]，具体取决于数据集。

有什么方法可以在我的所有热图中使用“绝对”颜色范围，以便相同的颜色代表所有热图的相同值？

谢谢你。

Answer 1

要在不同的热图中重用颜色范围，您应该明确指定颜色范围中的中断。您没有提供可重现的示例，因此这是一个通用示例：

library("gplots")
breaks = c(seq(-5, 0, length.out=128), 
           seq(0, 3, length.out=128))
heatmap.2(hm_data, dendrogram='row', Colv=FALSE,
              col=bluered(255), key=TRUE, labRow=row_names,
              breaks=breaks, symkey=FALSE, density.info="none", 
              trace="none", cexRow=0.5, cexCol=0.75)