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我正在尝试使用 MongoDB Perl 驱动程序对具有这种文档结构的集合进行查询：

{
    "_id" : ObjectId("519fcfa59fb9d97874000001"),
    "variant" : {
        "alt" : "T",
        "ref" : "C",
        "chr" : NumberLong(1),
        "pos" : NumberLong(13302),
        "rsID" : "rs180734498"
    },
    "genotype" : {
        "GT" : "0/0"
    },
    "sample" : {
        "ID" : NumberLong(8751),
        "tags" : [
            "hiseq",
            "exome",
            NumberLong(8751)
        ]
    }
}

这是我的 BAD perl 代码片段：

  my $hom_count = $exomevars->count({
    '$and' => [ {
          "variant.chr" => $chr,
          "variant.pos" => $pos,
          "variant.ref" => $ref,
          "variant.alt" => $alt,
          "genotype.GT" => qr/1\/1/,
          "sample.tags" => { '$nin' => \@these_tags }
          } ]
         });

我的收藏确实在这些字段上编入索引 -

{
    "v" : 1,
    "key" : {
        "variant.chr" : 1,
        "variant.pos" : 1,
        "variant.ref" : 1,
        "variant.alt" : 1,
        "genotype.GT" : 1,
        "sample.tags" : 1
    },
    "ns" : "vars.exomevars",
    "name" : "variant.chr_1_variant.pos_1_variant.ref_1_variant.alt_1_genotype.GT_1_sample.tags_1"
}

...但是我的脚本挂起并且没有查询发生。我很确定这是我的问题是查询的 $nin/sample.tags 部分，如果我取出我的 \@these_tags 并硬编码一些这样的文本，它仍然没有查询就挂起......

"sample.tags" => { '$nin' => ["stuff","things"] },

还要确保我的 @these_tags 数组正在使用 Data::Dumper - 看来我做对了......

print Dumper \@these_tags;
    $VAR1 = [
              'Please',
              'help',
              'stackoverflow',
              'friends'
            ];

这不是qr/1\/1/- 我以前使用过这个查询，它工作正常。例如，这是脚本的早期版本，我仅尝试基于单个字符串进行排除，此查询效果很好：

  my $hom_count = $exomevars->count({
      '$and' => [ {
          "variant.chr" => $chr,
          "variant.pos" => $pos,
          "variant.ref" => $ref,
          "variant.alt" => $alt,
          "genotype.GT" => qr/1\/1/,
          "sample.ID" => { '$ne' => $this_sample }
          } ]
         });

只有当我将sample.tags数组添加到集合中，现在尝试$nin操作符时，whelp，我迷路了......

我试过取出整个 $and 子句，仍然没有。我在 4 节点分片设置和 MongoDB-0.700.0 perl 驱动程序上使用 MongoDB v2.4.3。

关于我哪里出错的任何指示？我应该提供任何其他信息吗？

提前谢谢了！！

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1 回答 1

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我没有尝试完整的查询，但绝对不是$nin. 使用您的示例文档，我能够运行这些：

perl -MMongoDB -E 'say MongoDB::MongoClient->new->get_database( "so" )
->get_collection("vars")->count( { "sample.tags" => { "\$nin" => [ "hiseq", "foo" ] } } )'

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perl -MMongoDB -E 'say MongoDB::MongoClient->new->get_database( "so" )
->get_collection("vars")->count( { "sample.tags" => { "\$nin" => [ "narf", "foo" ] } } )'

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如果您尝试在 shell 中运行此查询并添加一个explain会发生什么？收藏有多大？

编辑：

您日志中的这一点很有趣：

$nin: [ [ "Please", "Help", "stackoverflow", "friends" ] ]

你有一个数组，里面有一个数组，但它应该是：

$nin: [ "Please", "Help", "stackoverflow", "friends" ]

你确定你的阵列有你的想法吗？

于 2013-05-30T02:59:32.837 回答