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我正在尝试使用 grep 来提取表达值。

我运行 eXpress，我的 .xprs 制表符分隔值文件如下所示：

bundle_id   target_id   length  eff_length  tot_counts  uniq_counts est_counts  eff_counts  ambig_distr_alpha   ambig_distr_beta    fpkm    fpkm_conf_low   fpkm_conf_high  solvable
1   Contig14365 310 106.787904  85  85  85.000000   246.750792  0.000000e+00    0.000000e+00    147.370523  147.370523  147.370523  T
2   Singlet_45262   346 232.432874  109 37  89.933541   133.875234  1.998601e+00    7.198885e-01    71.637085   51.273440   92.000730   T
2   Singlet_68764   236 119.092916  74  2   21.066459   41.746263   6.254955e+00    1.736541e+01    32.750608   0.142967    65.358248   T
3   Contig1270  736 500.694431  50  0   0.125252    0.184116    1.000000e+00    1.000000e+00    0.046316    0.000000    0.759071    F
3   Contig1271  851 628.717767  57  9   43.657462   59.092492   4.701649e-01    1.810055e-01    12.856315   4.051524    21.661106   T
3   Singlet_69558   790 555.880836  50  0   15.217286   21.626318   1.000000e+00    1.000000e+00    5.068381    0.000000    12.670313   F

我想获得非编码RNA特定的表达值，所以我想使用：

grep -f <list of ncRNAs contigs> <express file>

我制作了一个带有 ncRNA 重叠群 ID 的文件，如下所示：

Singlet_51268
Singlet_63946
Singlet_70630
Singlet_72272
Singlet_60543
Contig11105
Singlet_18043
Singlet_64779
Singlet_50335
Singlet_39678
Singlet_21655
Singlet_5438
Singlet_6400
Contig4197
Singlet_17193
Singlet_55710
Singlet_70948
Singlet_25172
Singlet_65515
Singlet_30239
Singlet_54617
Singlet_11188
Contig14540

由于我的 ncRNA 是 577，我希望最终得到一个 577 行的 .xprs 文件，但我最终得到了一个 701 个重叠群的 .xprs 文件。

所以我有 124 个与我的 ncRNA 不对应的重叠群。

我怎样才能提取 ncRNA 特定的值？我尝试使用 grep 但我无法修复它。

有什么建议么？

谢谢

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2 回答 2

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如果你可以使用awk，那么这应该工作 -

awk 'NR==FNR {a[$1]++; next} $2 in a' file xprs
于 2013-05-29T02:05:41.953 回答
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我用了

grep -w -f <list of ncRNAs contigs> <express file>

效果很好！

笔记：

-w将 grep 限制为WHOLE WORDS ONLY，因此 grep 不会搜索“12345”，也不会搜索“123456”。

于 2013-05-29T03:56:38.607 回答