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我正在尝试在 phyloclim 中使用 anc.clim 函数，但遇到了一个我不知道如何修复的错误。

我的工作区中有三个项目： etopo 是一个 50X14 双矩阵，第一列对应于环境变量的 50 个 bin。每个后续列都标有分类单元名称。

targetTree 是 phylo 类的对象，包含 13 个分类单元，其尖端标签与 etopo 中的分类单元相对应（通过使用 read.nexus 从 MrBayes 读取 .tre 文件生成）

prunedPosteriorTrees 是包含 1000 个系统发育树和 13 个分类单元的多系类对象，其尖端标签与 etopo 中的分类单元相对应（通过使用 read.nexus 从 MrBayes 读取 .t 文件生成）

我已经使用 geiger 的 treedata 函数确认了所有三个中的分类群都匹配。

当我用这些数据实现 anc.clim 时，会发生以下情况：

> climateReconstruction <- anc.clim(targetTree, posterior = prunedPosteriorTrees, pno = etopo, n = 2)
Error in noi(old, clades, monophyletic = TRUE) : 
  tips are not numbered consecutively. Type '?fixTips' for help.

当我键入 ?fixtips 或 ??fixTips 时，找不到任何文档。我还搜索了网络和软件包文档，但无济于事。有没有人遇到过这个错误？我该怎么办？

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我已经解决了这个问题。为了他人的帮助：

  1. targetTree 需要是一种超度量树，例如由 BEAST 分析产生的树。贝叶斯先生树不是超度量的。prunedPosteriorTrees 文件也是如此。

  2. 修复提示不再存在。它已被替换为 fixNodes。使用此功能可以解决错误。

于 2013-05-27T16:54:49.803 回答