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所以我在 Windows 8 上，我正在为我的研究做一些图像分析。它需要运行这个名为“calculate_distances.py”的python脚本（我没有写）。我还在使用已成功安装的CellTool ( http://pantheon.yale.edu/~zp2/Celltool/ ) 和 Numpy。

当我尝试运行我的 calculate_distances 脚本时，我收到此错误：

Traceback (most recent call last):
file "calculate_distances.py" line 4, in <module>
import celltool.simple_interface as si
ImportError: No module named celltool.simple_interface

这是我的 calculate_distances.py 脚本：

#!/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5/bin/python
# Import various celltool modules

import celltool.simple_interface as si
import celltool.contour.contour_class as contour_class
from celltool.utility.path import path
import celltool.utility.datafile as datafile
import numpy

# Designate your working directory - ie, replace '/parent_directory/' with the path that contains your contour files
#parent_dir=path('/parent_directory/')
parent_dir=path('./')

# Identify and load  all of the contour files
contour_files=parent_dir.files('*.contour')
contours=si.load_contours(contour_files)
all_distances=numpy.arange(len(contours[0].points))

# Calculate the normal displacement of the cell boundary at every contour point.
n=1
while n<len(contours):
contour_class.Contour.global_reorder_points(contours[n],contours[n-1])
displacement_vectors = contours[n-1].points - contours[n].points
normals = contours[n-1].inward_normals()
distances  = (normals * displacement_vectors).sum(axis=1)
all_distances=numpy.vstack((all_distances,distances))
n=n+1

# Save a csv file with the normal displacement of the boundary at each contour point (columns) at each time point (rows)
datafile.write_data_file(all_distances,parent_dir/'distances.csv')

我不知道错误是什么意思，因为我是第一次程序员。首先我认为我需要安装一个 C++/fortran 编译器，所以我安装了 Simple Fortran，但它仍然无法正常工作。在 Mac 系统上一切正常（在我安装了 GNU fortran 之后），但由于某种原因它不能在 Windows 上运行。是不是因为我的 CellTool 没有安装在正确的位置？还是剧本有问题？

有任何想法吗？非常感谢您的帮助！！

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1 回答 1

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那你有两个选择。

  1. 如果您还没有尝试将CellTool安装目录添加到您的环境变量中（如有必要，请创建此变量）。PYTHONPATH搜索诸如 celltool.dll 或 libcelltool.dll（甚至 celltool.py）之类的东西。看看有没有帮助。如果不 ：

  2. 按照这几个步骤编译源代码... 安装 MinGW（此处为安装程序），在安装程序询问时检查 C/C++ (gcc/g++) 和 Fortran。然后将C:/MinGW/bin（或安装 MinGW 的任何位置）添加到您的PATH环境变量中。从网站下载并解压 CellTool 源包。最后打开一个命令外壳（搜索cmd程序），将目录更改为新解压缩的目录并通过键入以下内容进行构建：

    python setup.py 安装

这应该会正确编译celltoolpython 包并将其安装到site-packagesPython 安装目录。选项 2 是确保/安全（但不是最简单的，我同意）的方式来使其工作。

于 2013-05-22T20:24:01.757 回答