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我正在使用从 GEO 下载的公开可用的微阵列数据集进行一些工作。我在使用 lumi 包处理 Illumina BeadArray 数据时遇到了一些麻烦。

通常在使用 lumi 包时，您会使用 lumiR 将数据转换为 lumiBatch 对象，然后您可以使用 lumiB 进行背景校正。lumiR 需要珠标准错误才能创建 lumiBatch 对象，在它们不存在的情况下，它会创建一个表达式集。lumi 的大部分函数都适用于表达式集，但不适用于 lumiB。我下载的数据集只有平均强度值，在某些情况下还有相关的 P 值。因此，我无法将我的数据转换为 lumiBatch 对象，因此无法使用 lumiB 进行背景校正。

我非常感谢有关如何背景更正表达式集的任何建议。抱歉，如果我措辞无益或遗漏了重要信息，我对 R 和在这样的论坛上提问都很陌生。

谢谢，

艾玛

这就是我一直在使用 lumiR 的方式，以及如果它是 lumiBatch 对象，我将如何使用 lumiB：

    #Import data and convert to lumiBatch/eset object
    GSEXXX.lumi <- lumiR("GSEXXX_Raw_Data.txt",lib.mapping="lumiHumanIDMapping")

    #Using lumiB to background correct a lumiBatch object
    GSEXXX.bgcorrected <- lumiB(GSEXXX.lumi,method=c('bgAdjust','forcePositive'))
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