models - 用于组装读取的重建模型的反向补充

Question

组装 DNA 测序产生的片段（通常称为 reads）的一种方法是寻找包含给定 reads 集的所有 reads 的最短公共超串。这个问题的一个模型是重建模型，它计算一个可能的超字符串（包含所有片段）和每个片段之间的最小编辑距离。我还不明白的是，在计算给定片段的编辑距离时，有必要计算该片段的反向补码的编辑距离。
片段及其反向补体的示例可能是：

ACTGTCC 片段
TGACAGG 补体（我们知道的互补链）
GGACAGT 反向补体

根据我正在阅读的书，它背后的想法是找到一个尽可能短的超字符串，即给定片段或其反向补码必须是超字符串的近似子字符串。我知道许多数学/计算模型对于解决生物学问题的方式没有生物学意义，但是我认为这种重建模型在生物学上是合理的，找到一个包含 DNA 某个区域的所有片段的字符串序列，以及所有的补体片段，毕竟在组装时我们可以找到两条链序列。但是对于给定的序列来说，反向互补是不存在的，除非它经历了某种断裂重组事件，这是意料之外的事情，主要是在谈论保守区域时。你知道为什么这个模型考虑了反向补语吗？提前致谢。