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我有一个包含 200 个 pdb 文件的文件夹。我想根据第 6 列按升序排列 PDB 文件的原子行。我想对文件夹中的每个 pdb 文件进行就地编辑。您的帮助将不胜感激。

ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N 
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C 
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C 
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N 
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C  
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O

期望的输出

ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O 
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C  
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C
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2 回答 2

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使用sort.

sort -n -k 6 inputfile

-n执行数字排序，并-k告诉通过键进行排序。

编辑：对于就地排序，请使用以下-o选项：

sort -n -k 6 inputfile -o inputfile
于 2013-05-15T08:08:16.820 回答
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我使用一个哈希，它的键将是第 6 个字段加上一个计数器，该计数器递增最后附加的每一行。这样可以避免覆盖重复的条目并保持稳定的顺序。然后使用asorti()函数按第 6 个字段排序并打印原始数组的每一行。

内容script.awk：

{
        ++n
        data[ $6 _ n ] = $0;
}

END {
        asorti( data, mod_data, "@ind_num_asc" )
        l = length( data )
        for ( i = 1; i <= l; i++ ) {
                print data[ mod_data[i] ]
        }
}

像这样运行它：

awk -f script.awk infile

这会产生：

ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C  
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C 
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N 
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N 
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C
于 2013-05-15T08:28:18.097 回答