我的问题的总结版本：
我在 .NET 中创建了一个应用程序，它将一些文件提取到“%TEMP%\Virtuosa Loader\”，当文件被提取时，应用程序启动一个 64 位进程（mame64.exe，位于提取的文件夹中）。
这是应用程序：http: //ElektroStudios.tk/Compiled.exe
应用程序和从应用程序启动的 64 位进程完美运行，但如果我使用BoxedAppPacker打包应用程序，则不会启动 64 位进程（mame64.exe）。
这是使用BoxedAppPacker打包的应用程序：http : //ElektroStudios.tk/Packed.exe
我使用默认的BoxedAppPacker选项和“虚拟化文件系统和注册表的所有更改”选项，因为我想以所有方式隐藏临时目录中的文件。
我试图在BoxedappPacker中添加/创建一个空的“ SysWow64 ”文件夹和“ system32 ”文件夹，我不知道这是否愚蠢，但我不知道我还能尝试什么。
问题：请问我该如何解决这个问题？为什么会这样？
谢谢你的阅读。
我的问题的扩展版本：
我有一个针对 Framework 3.0 版本并针对“AnyCPU”机器的VisualStudio 2012 项目，我正在使用 Windows 7 x64。
我的应用程序基本上首先使用SevenZipSharp库将压缩文件提取到“%TEMP%”文件夹，当提取其中的文件时，我使用“process.start”在未压缩文件夹中启动 procces。
我写了一个使用sevenzipsharp的方法，如下所示：
SevenZipSharp_Extract(System.IO.Path.GetTempPath() & "\Virtuosa Loader.tmp", System.IO.Path.GetTempPath() & "\Virtuosa Loader\")
该行表示文件“%TEMP%\Virtuosa Loader.tmp”（Wich 是一个 .7z 文件，文件扩展名更改为 .tmp）的内容被提取到“%TEMP%\Virtuosa Loader\”文件夹。
然后我更改当前工作目录并运行如下进程：
IO.Directory.SetCurrentDirectory(System.IO.Path.GetTempPath() & "\Virtuosa Loader")
Process.Start("Mame64.exe", "Rom.zip")
最后，我使用BoxedAppPacker应用程序打包我编译的项目，以虚拟化系统上的所有文件更改。
问题是在使用BoxedAppPacker之后，当我将在提取后从我编译的项目中启动的应用程序是 x64 可执行文件时，它不会启动（任何 Windows 错误，只是不会启动但进程存在，因为如果我让一个简单的条件来检查文件是否存在它返回True），
我不知道我是否做错了什么，但如果不是像“mame64.exe”这样的64位可执行文件，我尝试从我编译和打包的应用程序中启动像“mame.exe”这样的32位可执行文件，那么一切都可以作为预期的。
我试图将项目设置的编译选项卡中的目标机器更改为 x64 和 x86，并使用BoxedappPacker将其打包，如果我在编译选项卡中选择“x64”并使用BoxedAppPacker打包我编译的应用程序然后编译应用程序直接不会运行（任何 Windows 错误，只是不会运行）...如果我选择“anycpu”或“x86”打包的应用程序运行，但我将从我的项目启动的 x64 进程不会运行.
我激活的BoxedAppPacker选项是默认选项，此选项：“虚拟化文件系统和注册表的所有更改”
...因为我想虚拟化系统中的所有文件更改，以免用户看到 %TEMP% 文件夹中提取的文件，正如我所说，如果我打包应用程序并且打包的应用程序启动 x86 可执行文件，这将非常有效，但不适用于 x64 可执行文件。
我认为这个问题至少在没有用我的项目测试BoxedappPacker虚拟器的情况下很难解决，所以这里是文件：
这是完整的 VS2012 项目文件：http: //ElektroStudios.tk/Virtuosa_Loader_Project.zip
这是编译后的应用程序：http: //ElektroStudios.tk/Compiled.exe
这是使用BoxedAppPacker打包的应用程序：http : //ElektroStudios.tk/Packed.exe
这里是BoxedAppPacker试用版： http: //www.boxedapp.com/boxedapppacker/download.html（我使用的是 3.2.3.0 版本）