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我正在研究一个基因程序，其中我将一些繁重的工作移植到 CUDA 中。（以前只是 OpenMP）。

它的运行速度不是很快，并且我收到与递归相关的错误：

无法静态确定入口函数“_Z9KScoreOnePdPiS_S_P9CPPGPNode”的堆栈大小

我添加了一块在 CUDA 上运行的逻辑。我相信它足以说明它是如何工作的。我很高兴听到我可以添加的其他优化，但如果它可以加快速度，我真的很想采用递归。

非常欢迎有关如何实现这一目标的示例。

__device__ double Fadd(double a, double b)   {
    return a + b;
};


__device__ double Fsubtract(double a, double b)   {
        return a - b;
};

__device__ double action (int fNo, double aa , double bb, double cc, double dd) {
    switch (fNo) {
    case 0 :
        return Fadd(aa,bb);
    case 1 :
        return Fsubtract(aa,bb);
    case 2 :
        return Fmultiply(aa,bb);
    case 3 :
        return Fdivide(aa,bb);
    default:
        return 0.0;
    }

}

__device__ double solve(int node,CPPGPNode * dev_m_Items,double * var_set) {
    if (dev_m_Items[node].is_terminal) {
        return var_set[dev_m_Items[node].tNo];
    } else {
        double values[4];
        for (unsigned int x = 0; x < 4; x++ ) {
            if (x < dev_m_Items[node].fInputs) {
                values[x] = solve(dev_m_Items[node].children[x],dev_m_Items,var_set);
            } else {
                values[x] = 0.0;
            }
        }
        return action(dev_m_Items[node].fNo,values[0],values[1],values[2],values[3]);
    }
}

__global__ void KScoreOne(double *scores,int * root_nodes,double * targets,double * cases,CPPGPNode * dev_m_Items) {
    int pid = blockIdx.x;

    // We only work if this node needs to be calculated
    if (root_nodes[pid] != -1) {
        for (unsigned int case_no = 0; case_no < FITNESS_CASES; case_no ++) {
            double result = solve(root_nodes[pid],dev_m_Items,&cases[case_no]);
            double target = targets[case_no];
            scores[pid] += abs(result - target);
        }
    }
}

我无法使任何堆栈示例适用于大型树结构，这就是解决的问题。

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1 回答 1

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我现在已经解决了这个问题。这不是将递归参数放入堆栈的情况，但它是一个非常相似的系统。

作为节点树创建的一部分，我将每个节点都附加到一个向量中。我现在使用http://en.wikipedia.org/wiki/Reverse_Polish_notation反向解决这个问题，它非常适合，因为每个节点都包含一个值或一个要执行的函数。

它也比递归版本快约 20%，所以我很高兴！

于 2013-05-20T09:31:16.533 回答