我有一个 R 脚本,目前在我们的 linux HPC 上用作交互式会话。
脚本本身基于一组/项目列表进行测试,并使用雪运行 10,000 个测试排列以创建一个集群以对排列进行并行化(为了运行它,我登录到整个节点并使用我可用的所有处理器) IE:
cl <- makeCluster(rep("localhost",10), type = "SOCK") shortlist <-longlist[1] test.result <- test(cl=cl, data=data, items=shortlist, permutations=10000)
对于列表中的每个项目,使用排列的测试大约需要 3 小时。我有大约 1500 个项目要运行,所以我想:
- 制作一个可以生成大量 R my 脚本的脚本,按顺序编号,每幅画在 1-2 个项目上,每个都可以使用数组作业包装器单独提交。
- 或者更聪明的东西,这意味着我不必生成 750-1500 个 R 脚本,但结果相同。
所以我知道如何在 BASH 脚本中提交 R 脚本,但我不知道如何在 R 脚本中迭代列表。可能这真的很容易,这可能就是为什么我找不到相关的东西(或者我使用了错误的术语?)欢迎任何指针。