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我正在寻找几个小时（实际上已经两天），但我还找不到我的问题的答案。我已经尝试过 Sed 和 Awk，但我无法正确设置参数。

本质上，这就是我正在寻找的

对于 file_1 中的每一行
IF [file_1 中 colum2 中的值]等于 [file_2 中某行
中第    4列中的值]    或等于 [file_2 中某行中第 5 列中的值] 或介于    [第 4 列和第 4列中的值]值 file_2 中某行的第 5 列] THAN将 file_2某行的第 3、6     和 7列添加到 file_1 的第 3、4 和 5 列



注意：需要比较的值是 INT，列 3、6 和 7 中的值（只需要复制）是 STRING

这是上下文，但可能没有必要阅读：

我有两个包含基因组数据的文件，我想以特定方式合并它们（列是制表符分隔的）

  • 第一个文件包含变体（只有感兴趣的 SNP），有效地，只有第二列是相关的。此列是数字列表（该变体在染色体上的位置）
  • 我有一个包含以下数据的结构注释文件：
    • 第 4 列是特定结构的开始位置，第 5 列是结束位置。
    • 第 3、7 和 9 列包含描述特定结构（基因名称等）的信息。

我想用注释文件中的数据注释第一个文件中的变体。因此，如果变体文件第 2 列中的数字等于第 4 列或第 5 列或在特定行中的这些值之间，则需要添加注释中该特定行的第 3、7 和 9 列。

样本文件 1

SOME_NON_RELEVANT_STRING    142
SOME_NON_RELEVANT_STRING    182
SOME_NON_RELEVANT_STRING    320
SOME_NON_RELEVANT_STRING    321
SOME_NON_RELEVANT_STRING    322
SOME_NON_RELEVANT_STRING    471
SOME_NON_RELEVANT_STRING    488
SOME_NON_RELEVANT_STRING    497
SOME_NON_RELEVANT_STRING    541
SOME_NON_RELEVANT_STRING    545
SOME_NON_RELEVANT_STRING    548
SOME_NON_RELEVANT_STRING    4105
SOME_NON_RELEVANT_STRING    15879
SOME_NON_RELEVANT_STRING    26534
SOME_NON_RELEVANT_STRING    30000
SOME_NON_RELEVANT_STRING    30001
SOME_NON_RELEVANT_STRING    40001
SOME_NON_RELEVANT_STRING    44752
SOME_NON_RELEVANT_STRING    50587
SOME_NON_RELEVANT_STRING    87512
SOME_NON_RELEVANT_STRING    96541
SOME_NON_RELEVANT_STRING    99541
SOME_NON_RELEVANT_STRING    99871

样本文件 2

SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A1  0   38  B1  C1
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A2  40  2100    B2  C2
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A3  2101    9999    B3  C3
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A4  10000   15000   B4  C4
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A5  15001   30000   B5  C5
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A6  30001   40000   B6  C6
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A7  40001   50001   B7  C7
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A8  50001   50587   B8  C8
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A9  50588   83054   B9  C9
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A10 83055   98421   B10 C10
SOME_NON_RELEVANT_STRING    SOME_NON_RELEVANT_STRING    A11 98422   99999   B11 C11

示例输出文件

142 A2  B2  C2
182 A2  B2  C2
320 A2  B2  C2
321 A2  B2  C2
322 A2  B2  C2
471 A2  B2  C2
488 A2  B2  C2
497 A2  B2  C2
541 A2  B2  C2
545 A2  B2  C2
548 A2  B2  C2
4105    A3  B3  C3
15879   A5  B5  C5
26534   A5  B5  C5
30000   A5  B5  C5
30001   A6  B6  C6
40001   A7  B7  C7
44752   A7  B7  C7
50587   A8  B8  C8
87512   A10 B10 C10
96541   A10 B10 C10
99541   A11 B11 C11
99871   A11 B11 C1

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1 回答 1

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首先，这是编写您在 awk 中发布的算法的方法，假设当您说“添加”时，您的意思是“追加”，并假设 file1 中的所有行都具有第二个字段的唯一值（针对提供的示例输入运行）：

awk '
BEGIN{ FS=OFS="\t"; startIdx=1 }
NR==FNR {
    if ($2 in seen) {
         printf "%s on line %d, first seen on line %d\n", $2, NR, seen[$2] | "cat>&2"
    }
    else {
         f2s[++endIdx] = $2
         seen[$2] = NR
    }
    next
}
{
    inBounds = 1
    for (idx=startIdx; (idx<=endIdx) && inBounds; idx++) {
        f2 = f2s[idx]
        if (f2 >= $4) {
            if (f2 <= $5) {
                print f2, $3, $6, $7
            }
            else {
                inBounds = 0
            }
        }
        else {
            startIdx = idx
        }
    }
}
' file1 file2
142     A2      B2      C2
182     A2      B2      C2
320     A2      B2      C2
321     A2      B2      C2
322     A2      B2      C2
471     A2      B2      C2
488     A2      B2      C2
497     A2      B2      C2
541     A2      B2      C2
545     A2      B2      C2
548     A2      B2      C2
4105    A3      B3      C3
15879   A5      B5      C5
26534   A5      B5      C5
30000   A5      B5      C5
30001   A6      B6      C6
40001   A7      B7      C7
44752   A7      B7      C7
50587   A8      B8      C8
87512   A10     B10     C10
96541   A10     B10     C10
99541   A11     B11     C11
99871   A11     B11     C11
于 2013-05-13T13:49:07.990 回答