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我是这个 python/biopyhton 的新手，所以我很难弄清楚为什么下面的代码，几乎直接从 Biopython Cookbook 中提取出来，没有达到我的预期。

我原以为解释器最终会显示两个包含相同数字的列表，但我得到的只是一个列表，然后是一条消息说TypeError: 'generator' object is not subscriptable。

我猜 Medline.parse 步骤出了点问题，并且 efetch 的结果没有以允许后续交互提取 PMID 值的方式进行处理。或者，efetch 没有返回任何内容。

任何指向我做错了什么的指针？

谢谢

from Bio import Medline
from Bio import Entrez
Entrez.email = 'A.N.Other@example.com'

handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="biopython")
record = Entrez.read(handle)
print(record['IdList'])

items = record['IdList']
handle2 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=items, rettype="medline", retmode="text")
records = Medline.parse(handle2)
for r in records:
    print(records['PMID'])
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您正在尝试打印records['PMID']哪个是generator。我认为您的意思是print(r['PMID'])在每次迭代的当前记录字典对象中打印“PMID”条目。文档中给出的示例证实了这一点Bio.Medline.parse()。

于 2013-05-10T22:14:50.287 回答