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我已经向 SLURM 提交了一个批量作业。

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=freset_weighting
#SBATCH --output=freset.out
#SBATCH --error=freset.err
#SBATCH --time=120:00:00
#SBATCH --mem=32769
#SBATCH --mail-type=BEGIN
#SBATCH --mail-type=END

java -jar ~/FReSET/freset_0.1.jar -XX:-UseGCOverheadLimit -Xmx32g

作业停止并出现以下错误：

Exception in thread "main" java.lang.reflect.InvocationTargetException
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597)
    at org.eclipse.jdt.internal.jarinjarloader.JarRsrcLoader.main(JarRsrcLoader.java:58)
Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded
    at java.util.regex.Matcher.<init>(Matcher.java:207)
    at java.util.regex.Pattern.matcher(Pattern.java:885)
    at java.util.regex.Pattern.split(Pattern.java:994)
    at java.util.regex.Pattern.split(Pattern.java:1056)

应该使用 -XX:-UseGCOverheadLimit 参数启动 java 进程以避免此错误。

干杯，马库斯

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1 回答 1

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从java用法来看

用法：java [-options] -jar jarfile [args...]
           （执行一个jar文件）

所以你应该在“-jar myJar.jar”之前指定选项“-XX:-UseGCOverheadLimit -Xmx32g”

java -XX:-UseGCOverheadLimit -Xmx32g -jar ~/FReSET/freset_0.1.jar

如果您收到此错误，但我会担心您的程序正在做什么以使垃圾收集像这样超时工作。我建议做一些分析来找出导致这么多临时对象的原因。这个问题有一些关于调优、GC 开销限制超出的答案。

于 2013-05-08T18:21:00.847 回答