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我正在努力在 R 中打开 NetCDF 文件。当我尝试使用

library(ncdf)
# read in NetCDF file
maize.nc<-open.ncdf("C:/Users/Jo/Desktop/pft_harvest_maize.nc")

我收到以下错误消息：

 Error in R_nc_open: NetCDF: Unknown file format
 Error in open.ncdf("C:/Users/Jo/Desktop/pft_harvest_maize.nc") : 
   Error in open.ncdf trying to open file C:/Users/Jo/Desktop/pft_harvest_maize.nc

奇怪的是，另一个带有 Runoff-Data 的 NetCDF 文件从完全相同的模拟中以完全相同的数据类型打开而没有任何问题。

文件大小的差异是径流：56.1 MB（58,870,472 字节）和收获：149 MB（156,968,508 字节）。所以文件实际上并没有太大而不会在打开时失败。有谁知道我如何追溯导致此问题的错误？

使用RNetCDF包我遇到同样的问题（Error: NetCDF: Unknown file format）

从 ncdump 我得到：

netcdf pft_harvest_maize {
dimensions:
        time = 199 ;
        npft = 32 ;
        latitude = 78 ;
        longitude = 79 ;
variables:
        string NamePFT(npft) ;
        int time(time) ;
                time:units = "Years" ;
        float latitude(latitude) ;
                latitude:units = "degrees_north" ;
                latitude:long_name = "latitude" ;
            latitude:standard_name = "latitude" ;
            latitude:axis = "Y" ;
    float longitude(longitude) ;
            longitude:units = "degrees_east" ;
            longitude:long_name = "longitude" ;
            longitude:standard_name = "longitude" ;
            longitude:axis = "X" ;
    float harvest(time, npft, latitude, longitude) ;
            harvest:units = "gC/m2/yr" ;
            harvest:long_name = "harvested carbon" ;
            harvest:missing_value = -9999.99f ;
            harvest:_FillValue = -9999.99f 
}

该文件可以在这里找到： netCDF-file

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来自 ncdump -k 的转储将 netcdf 文件格式设为 netCDF-4。我能够使用ncdf4包打开文件，因为 ncdf 似乎与版本 4 文件不向后兼容：

“但是，ncdf 包不提供 netcdf 版本 4 文件的接口。”

从ncdf4文档中。

library(ncdf4)
mycdf <- nc_open(file.choose(), verbose = TRUE, write = FALSE)
timedata <- ncvar_get(mycdf,'time')
lat <- ncvar_get(mycdf,'latitude')
long <- ncvar_get(mycdf,'longitude')
harvestdata <- ncvar_get(mycdf,'harvest')

str(harvestdata)

给

num [1:79, 1:78, 1:32, 1:199] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
于 2013-05-09T00:29:05.880 回答
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我认为收获玉米的 netcdf 文件只是损坏了，甚至不是 netcdf 文件（文件名没有说明真实内容）。尝试在NCView中打开它或使用ncdump转储，如果这些工具也失败，您的文件已损坏或不完整。此外，如果您希望我们提供帮助，您需要提供您的文件。

于 2013-05-08T14:45:16.417 回答