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我必须处理一个大文件，并且一直在阅读有关并行命令的信息，以在使用 sed、sort 等时尝试使用多个核心处理器。所以我首先想改变每四个的第一行（因为这种文件的命名约定 - FastQ 格式）。

例如，这将是一组四人，我想修改第一行：

cat sbcc073_pcm_ill_all.musket_default.fastq | head -4

@HWUSI-EAS1752R:29:FC64CL3AAXX:8:65:16525:4289_1:N:0:ACTTGA
GCGAGAGAATGGATGAGTTGATAGTTACACAGCGGTTTTGATATACTGATGCCTTGTATATGTTCGT
+
GHHHHHHHHHHGGEEGEDGGGGH=HHHHHEGDBFF8BED=BAEEEAHHHBD>GGGEEHHHFE>GG@E

使用下一个命令，我完成了工作：

cat sbcc073_pcm_ill_all.musket_default.fastq | head -4 | sed 's#^\(@.*\)_\([12]\).*#\1/\2#'

@HWUSI-EAS1752R:29:FC64CL3AAXX:8:65:16525:4289/1
GCGAGAGAATGGATGAGTTGATAGTTACACAGCGGTTTTGATATACTGATGCCTTGTATATGTTCGT
+
GHHHHHHHHHHGGEEGEDGGGGH=HHHHHEGDBFF8BED=BAEEEAHHHBD>GGGEEHHHFE>GG@E

但是，当使用并行时，似乎无法识别组捕获括号：

cat sbcc073_pcm_ill_all.musket_default.fastq | head -4 | parallel --pipe sed 's#^\(@.*\)_\([12]\).*#\1/\2#'

@HWUSI-EAS1752R:29:FC64CL3AAXX:8:65:16525:4289_1:N:0:ACTTGA
GCGAGAGAATGGATGAGTTGATAGTTACACAGCGGTTTTGATATACTGATGCCTTGTATATGTTCGT
+
GHHHHHHHHHHGGEEGEDGGGGH=HHHHHEGDBFF8BED=BAEEEAHHHBD>GGGEEHHHFE>GG@E

删除反斜杠或使用 sed -r 命令告诉我：

/bin/bash: -c: line 3: syntax error near unexpected token `('
/bin/bash: -c: line 3: `             (cat /tmp/60xrxvCIRX.chr; rm /tmp/60xrxvCIRX.chr; cat - ) | (sed s#^(@.*)_([12]).*#\1/\2# );'

任何人都可以对此有所了解吗？

非常感谢您

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1 回答 1

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parallel --pipe "sed 's#^\(@.*\)_\([12]\).*#\1/\2#'"

尝试像这样在双引号内插入完整的命令。

于 2013-05-08T09:48:06.940 回答