1

我有一个示例文本文件，如下所示：

>chr1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr10 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr11 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr12 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>AAEX03020170.1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
>AAEX03022270.1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
>JH373398.1dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
>JH373568.1dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA

前四个以chr1,和开头chr10，其余的以公共前缀and开头。chr11chr12AAEXJH

我想从以AAEXand开头的行中删除所有数据，JH即输出应如下所示：

>chr1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr10 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr11 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr12 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

原始文件有许多以“AAEX”和“JH”开头的行，并希望按上图所示进行转换。有什么帮助吗？

4

2 回答 2

1

这应该可以解决问题：

$ awk '/>[AJ]/{if(!f++)print ">chrX";next}NF' file
>chr1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr10 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr11 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr12 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chrX
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
于 2013-04-25T13:09:03.680 回答
1

这可能对您有用（GNU sed）：

sed -r '/^>(AAEX|JH)/{x;/./{x;d};x;s/.*/>chrX/p;h;d};/^>/{x;s/.*//;x}' file
于 2013-04-25T20:30:05.743 回答