0

我有一个如下所示的csv文件：

ID1              ID2         AVG1     AVG2         
ENSG00000207447 RNU6-2    0.101431  0.163308     
ENSG00000207427 SNORA51   0.096551  0            
ENSG00000201784 SNORD14A  0.068653  0.0320985    
ENSG00000207315 SNORA28   0         0.01936      
ENSG00000207787 MIR98     0         0

我想计算 and 的log2比率AVG1并将AVG2其打印在每行的 AVG 列旁边，使其看起来像这样：

ID1              ID2       AVG1         AVG2       log2Ratio
ENSG00000207447 RNU6-2    0.101431  0.163308     2.0632577007
ENSG00000207427 SNORA51   0.096551  0            inf
ENSG00000201784 SNORD14A  0.068653  0.0320985    7.105015172
ENSG00000207315 SNORA28   0         0.01936      0
ENSG00000207787 MIR98     0         0            inf

我试过了

$ awk 'NF> 2 { ratio =($3/$4)/log(2) ; print $0, ratio }' testlog2.csv > testlog2_2.csv
and
$ awk 'BEGIN{OFS="\t"} {if ($4==0) {print $0, "inf"} else {print $0, ($3/$4)/log(2)}}' testlog2.csv > testlog2_2.csv

但awk每当分母为 0 时就会一直崩溃。如果您有任何建议如何绕过它，那就太好了。

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您的问题是，您应该单独打印标题行。

验证它：

kent$  awk 'BEGIN{print "A"/"B"}'                                                                                                                                           
awk: cmd. line:1: fatal: division by zero attempted

您可以将 awk 行更改为：

 awk 'BEGIN{OFS="\t"} NR==1{print;next}{if ($4==0) {print $0, "inf"} else {print $0, ($3/$4)/log(2)}}' file

我对你的代码没有太大的改变，基本上是复制粘贴，只是添加NR==1部分。

笔记

如果您运行代码，您将看到输出与您的预期不同（您的问题中的示例）。我希望你的逻辑($3/$4)/log(2)是正确的。

NR==1{...}修复后的输出：

ID1              ID2       AVG1      AVG2
ENSG00000207447  RNU6-2    0.101431  0.163308   0.896061
ENSG00000207427  SNORA51   0.096551  0          inf
ENSG00000201784  SNORD14A  0.068653  0.0320985  3.08567
ENSG00000207315  SNORA28   0         0.01936    0
ENSG00000207787  MIR98     0         0          inf
于 2013-04-23T09:21:01.463 回答