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我需要执行我的 evaluateParameters.pl Perl 程序，为此，我想创建一个 shell 脚本。

#!/bin/bash

COVARIANCE=~/Desktop/ncRNA/CovarianceModels/rRNAs_cov/bitscores.rRNA.dat         # First input FILE
BASEPATH='/Desktop/ncRNA/Data/Inputs/rRNAs/60/'

TRUEFILES=~/$BASEPATH/Infernal/*.table                  # Second input File   
CONTROLFILES=~/$BASEPATH/RandomControl/Infernal/*.table # third input file
INPUTFILES=~/$BASEPATH/*.fasta                          # fourth input file   
for i in $COVARIANCE
do
    NAME1=`basename $i`
    for t in $TRUEFILES
    do
        # i.e : 1dvex4_rRNA_cin.out.db.location.fasta.RF00001.cm.tab.table
        NAME=`basename $t`
        echo "Calculating the parameters to $NAME"

        # I need modify $NAME to convert in: 1dvex4_rRNA.cin.out.db.location.fasta
        FILER=$(echo $NAME | sed s/(.*\.fasta)\.(.*\.tab\.table)/\1/g)

        # I need modify $NAME to convert in: 
        # 1dvex4_rRNA.cin.out.db.location.fasta.mutant.fasta.RF00001.cm.tab.table
        FILEM=$(echo $NAME | sed s/(.*\.fasta\.)(.*\.tab\.table)/\1\.mutate\.fasta\2/g)
        perl evaluateParameters.pl $i ~/$BASEPATH/Infernal/$NAME ~/$BASEPATH/RandomControl/Infernal/$FILEM ~/$BASEPATH/$FILER
        echo "END!"
    done
done

最后一个代码向我发送以下警告：

Calculating the parameters to                                 10dvex1_rRNA_ce.out.db.location.fasta.RF00001.cm.tab.table.false.table.false.table.true.table.true.table.true.table .false.table
./obtainParameters.sh: command substitution: line 31: syntax error near unexpected token `('
./obtainParameters.sh: command substitution: line 31: `echo $NAME | sed s/(.*\.fasta)\.(.*\.tab\.table)/\1/g'
./obtainParameters.sh: command substitution: line 32: syntax error near unexpected token `('
./obtainParameters.sh: command substitution: line 32: `echo $NAME | sed s/(.*\.fasta\.)(.*\.tab\.table)/\1\.mutate\.fasta\2/g'

一些想法？我猜错误在 $NAME 的正则表达式中，但我无法获得正确的正则表达式结果。提前致谢！

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1 回答 1

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有几件事让我感到震惊：

1）您的 do 和 done 语句不匹配（您有一个额外的“完成”）。

2）在你的 sed 表达式周围加上单引号；括号被 bash 解释为子进程。

具有语法突出显示的优秀编程文本编辑器对此有很大帮助。

于 2013-04-22T03:22:10.033 回答