r - R中有吸引力的3D绘图

Question

我正在写一个提案，需要一个像这样的 3D 图：

但最好更有吸引力。我需要每个点的大小来反映物种的丰度以及通过连接点创建的体积轮廓。

样本数据：

input<-data.frame(
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,6,6,1),
trait_y=c(7,7,7,1),
trait_z=c(8,8,8,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
input
  label trait_x trait_y trait_z point_size
1   sp1       6       7       8        6
2   sp2       6       7       8        7
3   sp3       6       7       8        8
4   sp4       1       1       1        1

关于如何使这样的图表更具吸引力的任何建议（可能包括网格线？但是我不希望轴上有任何数字）

我玩过scatterplot3d，但它并没有绘制出我所有的观点，而且我个人发现立方体看起来很奇怪......就像它不太准确......

library(scatterplot3d)
x<-input$trait_x
y<-input$trait_y
z<-input$trait_z
scatterplot3d(x,y,z,xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),zlim=c(0,10))

Answer 1

这应该让您开始使用 package rgl。注意：在重新阅读时，我发现我使用的 xyz 坐标与您使用的有点不同，但概念是相同的。

input<-data.frame( # I adjusted the values for better appearance in demo
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,7,11,1),
trait_y=c(10,7,9,1),
trait_z=c(4,7,6,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
names(input) <- c("name", "x", "y", "z", "radius")
input$radius <- input$radius*0.2

require("rgl")

spheres3d(input[,2:4], radius = input[,5], col = c("red", "green", "blue", "orange"), alpha = 0.5)
axes3d(box = TRUE)
title3d(xlab = "x_trait", ylab = "y_trait", zlab = "z_trait")
text3d(input[1,2:4], texts = "species X")
# next line is clunky but you can do it more elegantly
segs <- rbind(input[1:2,2:4], input[2:3,2:4], input[3:4,2:4], input[c(4,1),2:4])
segments3d(segs)

现在您可以交互式地旋转图表，然后使用它rgl.snapshot来获取硬拷贝（使用 spheres3d 中的抗锯齿参数将改进图表）。