perl - 匹配 fasta 文件中的标头并使用新名称命名

Question

我有一个带有不同标题的fasta文件，像这样..

>Ar000001
>Ar000002
>Ar000003

等等..现在我想把名字改成这样

>Ar000001 => >Bra000001
>Ar000002 => >Bra000002
>Ar000003 => >Bra000003 

等等.. 我写了一个 perl 脚本来做到这一点，但它不输出任何东西。我做错了什么。

open(INFILE, "test.fasta") or die "Error opening input file"; 
open(OUTFILE, ">", "test_out.fasta") or die "Error creating output file"; 

my $count = 1;
while (my @line = <INFILE>) 
{
    if (my $line[$count] =~ /^>/)
    {
        print OUTFILE ">Bra%.5d\n", $count;
        $count ++;
    }
}

除了更改 fasta 标头名称并输出到新文件之外，我如何在每个 fasta 标头下也包含序列。在此先感谢.... Upendra

Answer 1

直接从命令行

perl -pe's/^>Ar/>Bra/' test.fasta > test_out.fasta

Answer 2

听起来这就是您实际需要做的所有事情：

open(my $INFILE, "<", "test.fasta") or die "Error opening input file: $!"; 
open(my $OUTFILE, ">", "test_out.fasta") or die "Error creating output file: $!"; 

while (my $line = <$INFILE>) 
{
    $line =~ s/^>Ar/>Bra/;
    print $OUTFILE $line;
}

即用“>Bra”替换所有出现的“^>Ar”，并保持文件中的所有其他内容相同。