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我试图弄清楚为什么我.libPath在命令行 R 和 RStudio Desktop之间有所不同（注意：这不是这个问题的重复，因为修复涉及特定于 RStudio Server的东西我没有的

当我在命令行（linux）上使用 R 时：

> .libPaths()
[1] "/home/mathematicalcoffee/R/library"  "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"             "/usr/lib/R/library"

当我使用 RStudio Desktop（linux，同一台机器）时：

[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"       "/usr/lib/R/library"            "/usr/lib/rstudio/R/library"

现在我已经设置$R_LIBS_USER为~/R/library，所以 R-command-line 将它作为我首选的 libPath。

当我这样做时，问题出在 RStudio Desktop 中：

Sys.getenv('R_LIBS_USER')
# "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15"

那么为什么 RStudio Desktop 改变了我的R_LIBS_USER? 我怎样才能把它改回来？（我不使用 .Rprofile 文件）。（在我上面链接的问题中，RStudio Server 的解决方案是修改/etc/rstudio/rsession.conf，但我没有，因为我有 RStudio Desktop。另外，我相信 RStudio 应该尊重我的R_LIBS_USER环境变量。）

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你写：

现在我在我的 bash 配置文件中将 $R_LIBS_USER 设置为 ~/R/library，

您是否偶然从 gui 图标调用 RStudio，即不调用您的~/.bash_profile? 也许您可以尝试调用包装器来设置它？

对于它的价值，.libPaths()在 RStudio 桌面和服务器下返回相同的东西（尽管服务器附加了它的内部目录），在命令行上和通过 ESS 为我返回相同的东西。

编辑：一般来说，请阅读help(Startup)哪些时间会花费时间。@flodel 的评论非常恰当。如果您在系统级别始终无法处理这个问题，您可以随时转向 R，无论是在其系统级别（通过Renviron和Renviron.site）还是通过~/R/目录。

于 2013-04-17T01:14:11.343 回答
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只是在这里记录以防有人发现它有用，根据ArchWiki ，我们可以在 ~/.Renviron 中定义 R_LIBS_USER，我觉得这是为 R 定义特定变量的更方便的方法。

于 2019-08-02T16:46:50.883 回答