bash - 如何使压缩文件直接用作常规文件？

Question

我们有一个用于基因组数据的定制压缩器，称为 CRAM，尽管它提供了卓越的压缩能力，但人们不敢使用它，因为使用生物信息学工具作为“常规”文件处理并不那么容易。我们希望允许将压缩文件用作脚本的参数、在 GUI 中打开等等，就像经典文件一样。

就像命名管道或块设备文件一样，它会在读取时自动执行解压缩命令。如果可以轻松地从系统复制到系统（到电子邮件、sftp 等），那就更好了。

我们目前的解决方案：

1. 假设我们有两个命令，cram 和 uncram（你可以在这里替换 gzip 和 gunzip），以及一个输入文件 fileX.

2. 我们压缩：

   补习班<fileX> fileX.cram

3. 我们为 cram 创建自解压存档：

   echo "uncram < fileX.cram" > fileX.cram.sex
   chmod +x fileX.cram.sex

4. 我们将其用作工具中的参数：

   我的工具 <(fileX.cram.sex)

现在它几乎很容易使用，除了“<()”符号，而且您不能立即在 GUI 中打开它。

任何想法如何使过程透明？

Answer 1

您可以尝试为处理文件的每个命令提供一个简单的包装器：

$ mytool () {
>  command mytool <( "$1" )
> }
$ mytool fileX.cram.sex

command内置命令允许您运行原始命令，而不是隐藏它的函数。

请注意，这fileX.cram.sex不是自解压存档；它只是一个带有硬编码输入文件的 shell 脚本。