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我为这个问题的简单性道歉。

我正在尝试使用一个名为 ChromHMM 的程序来分析一些生物数据。我尝试按照说明运行程序，但似乎无法正确输入参数。

下面是一个例子： E:\ComputationalAnalysis\ChromHMM>java -mx1600M -jar ChromHMM.jar BinarizeBed
染色体长度文件=\CHROMSIZES\hg19.txt inputbeddir=\Donor1 cellmarkfilet ble=\Donor1\cellmarkfile.txt outputbinarydir=\firstoutput

它只返回这个：使用 BinarizeBed [-b binsize][-c controldir][-center][-colfields Chromium,start rt,end[,strand]][-e offsetend][-f foldthresh][-n shift] [-o outputcontroldir][-p poissonthresh][-peaks][-s offsetstart][-strictthresh][-t outputsignaldir][-u pse udocountcontrol][-w flankwidthcontrol] 染色体长度文件 inputbeddir cellmark filetable outputbinarydir

在手册中它说最后的 4 个参数是唯一需要运行的参数。有谁知道我做错了什么？我正在尝试从 Windows 命令提示符执行此操作

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尝试删除参数的名称和等号；只需传递值。因此，在您的示例中，您将拥有以下内容。

E:\ComputationalAnalysis\ChromHMM>java -mx1600M -jar ChromHMM.jar BinarizeBed \CHROMSIZES\hg19.txt \Donor1 cellmarkfileta \Donor1\cellmarkfile.txt \firstoutput

于 2013-04-13T04:02:32.047 回答