Christian，您自己说过，包和主题设置在“默认配置”范围内。当您将文件放在 /default/custom/layout/ 中时，您会将文件放在不同的模板文件夹中。您可以做两（三）件事之一：
更改设计设置
在System > Configuration > Design > Themes下，将Templates、Skin和Layout设置为"custom"。
刷新您的缓存，它应该开始使用文件夹 /design/frontend/default/custom/...
使用默认/默认主题包
您可以只编辑默认主题。您可以将文件从“基本/默认”复制到“默认/默认”并将其设置为不覆盖任何文件，然后将文件从“默认/自定义”移动并覆盖默认文件夹。
注意：这可以完成工作，但通常不建议这样做。（继续阅读；D）
更改设计设置并使用 local.xml
如上所述更改您的配置。如今，在 Magento 中更改布局最被接受的方法是使用local.xml。这将位于您的Default/Custom/Layout/文件夹中。这个文件将是您完成所有布局更新的地方，您无需在此过程中触及任何核心文件。
您习惯做的一些事情将不得不改变，因为您不会直接编辑基本文件。local.xml 最后加载，因此此处所做的任何调整都不应被覆盖。为了完成您的目标，您的 local.xml 可能会像这样开始：
本地.xml
<?xml version="1.0"?>
<layout version="0.1.0">
<checkout_onepage_success>
<reference name="root">
<action method="setTemplate">
<template>page/1column.phtml</template>
</action>
</reference>
</checkout_onepage_success>
<checkout_onepage_failure>
<reference name="root">
<action method="setTemplate">
<template>page/1column.phtml</template>
</action>
</reference>
</checkout_onepage_failure>
</layout>
您将不得不调整删除内容的方式，它不再像注释掉、删除或移动一行那么简单。
完全删除一个块
要删除一个块，请获取它的块名称（或 as=""）并在适当的参考中插入以下代码。
<remove name="left.permanent.callout" />
将块移到别处
移动块是一个两部分，首先您必须在包含引用中取消setChild并将块插入其新位置。例如：
<reference name="left">
<action method="insert">
<!-- Name of Block -->
<blockName>right.poll</blockName>
<!-- Name of Adjacent Block -->
<siblingName>left.newsletter<siblingName>
<!-- Does it Come Before(0)? Or After(1)? Adjacent Block -->
<after>0</after>
</action>
</reference>
<reference name="right">
<action method="unsetChild">
<name>right.poll</name>
</action>
</reference>
注意：这里，0通常只适用于其 phtml 文件包含echo $this->getChildHtml('') 的块。这意味着它正在加载 xml 中列出的所有引用的子块。
另请注意，使用块名称（例如getChildHtml('top_links') ）使用相同功能的文件通常需要您将该模板文件克隆到您的设计中（默认/自定义/模板/）并手动添加echo $this- >getChildHtml('your_block_name')你希望你的块出现的地方（在你的 local.xml 中放置之后）。
那应该可以帮助您入门，网上有很多好文章，堆栈溢出也是获取信息的好地方。