r - 为什么 GenABEL 和 Plink 中的 Hardy-Weinberg 测试不同？

Question

当我使用这个 Plink 命令时：

Plink --file filename --hardy

将为每个标记创建一个具有不同 p 值的新文件 filename.hwe，相比之下GenABEL：

library(GenABEL)
...
snpSummary<-summary(gtdata(filename))
hwe_test<-snpSummary$Pexact

为什么我会得到相同标记的其他 p 值？

Answer 1

HWE有不同的测试。例如卡方拟合优度 vs Fishers 精确检验 vs 杂合子过剩/不足。

我不确定，但您应该查看每个软件的手册，以确认它们首先使用相同的测试。