python - pydot 和 graphviz 错误：无法导入 dot_parser，无法加载 dot 文件

Question

当我用 pydot 运行一个非常简单的代码时

import pydot
graph = pydot.Dot(graph_type='graph')

for i in range(3):

  edge = pydot.Edge("king", "lord%d" % i)
  graph.add_edge(edge)

vassal_num = 0
for i in range(3):
  for j in range(2):
    edge = pydot.Edge("lord%d" % i, "vassal%d" % vassal_num)
    graph.add_edge(edge)
    vassal_num += 1

graph.write_png('example1_graph.png')

它向我打印错误消息：

Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible.

我正在使用 python 2.7.3

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回答pydot >= 1.1：

(upstream) 的不兼容问题pydot已由6dff94b3f1 修复，因此pydot >= 1.1将与pyparsing >= 1.5.7.

答案适用于pydot <= 1.0.28：

对于遇到此问题的任何其他人，这是由于 pyparsing 从 1.x 到 2.x 版本的变化。要使用 pip 安装 pydot，首先安装旧版本的 pyparsing：

pip install pyparsing==1.5.7
pip install pydot==1.0.28

如果您没有安装pyparsingusing pip，而是使用setup.py了，请查看此解决方案以卸载软件包。谢谢@qtips。

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pip repo 中有一个名为 pydot2 的新包，它与 pyparsing2 一起正常工作。我无法降级我的包，因为 matplotlib 依赖于较新的 pyparsing 包。

注意：来自 macports 的 python2.7

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pydot 使用了来自 pyparsing 的私有模块变量（_noncomma）。下面的差异修复了它以用于 pyparsing 2.0.1：

diff --git a/dot_parser.py b/dot_parser.py
index dedd61a..138d152 100644
--- a/dot_parser.py
+++ b/dot_parser.py
@@ -25,8 +25,9 @@ from pyparsing import __version__ as pyparsing_version
 from pyparsing import ( nestedExpr, Literal, CaselessLiteral, Word, Upcase, OneOrMore, ZeroOrMore,
     Forward, NotAny, delimitedList, oneOf, Group, Optional, Combine, alphas, nums,
     restOfLine, cStyleComment, nums, alphanums, printables, empty, quotedString,
-    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, _noncomma, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )
+    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )

+_noncomma = "".join( [ c for c in printables if c != "," ] )

 class P_AttrList:

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我分叉了 pydot 存储库 [1]，应用了 Gabi Davar 补丁和一些更改以支持 python-3。该软件包在 PyPI [2] 中可用。

干杯

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$ sudo pip uninstall pydot

$ sudo pip install pydot2

请参阅以下链接：http: //infidea.net/troubleshooting-couldnt-import-dot_parser-loading-of-dot-files-will-not-be-possible/

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解决方案不是从某个地方安装 pydot，而是从官方 ubuntu 存储库安装“python-pydot”。

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现在至少还有两个版本似乎支持 PyParsing-2 和 Python-3：

Carlos Jenkins的 PyDotPlus带有一个不错的 travis buildbot 和精美的文档。但是，您需要将其文件夹名称从更改site-packages\pydotplus为site-packages\pydot以使其与导入 pydot 的现有程序一起使用。
pydot3k由bmcorser 提供。可悲的是，没有工作！
James Mills 的prologic/pydot从官方 pydot Google 代码页链接到 ...

Python 3 兼容性的一个分支
这是 David Villa 的 pydot2 的工作链接，可以正常工作： https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32

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我又遇到了问题，我的上述解决方案不起作用。如果这对您来说是正确的，并且您也在使用 El Capitan 的 Mac 上使用 Anaconda，请尝试以下操作：

conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG graphviz`
conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG pydot

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经过我在这里看到的这么多尝试后我最后做了什么（它适用于 networkx 的伪序列）：

apt-get remove python-pydot
pip install pydotplus
apt-get install libcgraph6
apt-get install python-pygraphviz


# pip freeze | grep pydot
 pydotplus==2.0.2
# pip freeze | grep pyparsing
pyparsing==2.2.0
# pip freeze | grep graphviz
pygraphviz==1.2
# python -c 'import pydotplus'
#

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这对我有用（Mac OS X 10.9 和 Python 2.7.10 在 Anaconda 上）：

conda uninstall pydot

然后，

conda install pydot

然后在 pydot 安装后将 Pyparsing 降级（从 2.x 到 1.5.7）。未来的 Google 员工：这让我能够正确安装和导入 Theano。

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在 OSX Mavericks 上，以下方法成功了……我遇到了同样的错误，但在底部也有人抱怨 graphviz 可执行文件不存在……我认为问题是我在其他模块之前安装了 graphviz？

brew uninstall graphviz
brew install graphviz

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当其他解决方案不起作用时，这是解决问题的一种快速而肮脏的方法：

此示例来自 Ubuntu 16.04 上的 python 2.7。

编辑文件 python2.7/site-packages/keras/utils/visualize_util.py 并注释下面的代码段。

if not pydot.find_graphviz():
    raise ImportError('Failed to import pydot. You must install pydot'
                      ' and graphviz for `pydotprint` to work.')

find_graphviz() 在较新版本的 pydot 上是多余的，上面的调用不起作用。

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我也遇到了这个问题，我的 pydot==1.0.28 而 pyparsing==2.2.0. 我通过从谷歌下载最新的 pydot 1.2.3(tar.gz) 解决了这个问题，然后离线安装。当我在 ubuntu 14.04 中更新 pydot 时，它说 pydot 1.0.28 是最新版本。因此我从谷歌下载了 1.2.3 版本。

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您需要将 pyparsing 从 2.x 版本降级到 1.5.7 版本才能使 pydot 正常工作。

对于 win-64，使用 Conda，这对我有用：

conda install -c https://conda.anaconda.org/Trentonoliphant pyparsing=1.5.7

然后我禁用/卸载了 2.x 版本并在我的脚本中重新加载了 pyparsing：

pyparsing = reload(pyparsing)
pydot = reload(pydot)

要检查您是否运行了正确的版本：

print pyparsing.__version__

python - pydot 和 graphviz 错误：无法导入 dot_parser，无法加载 dot 文件

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