我有两个文件:pedigree.ped
和pedigree.map
. Plink可以使用这两种文件格式。
就我而言,我想将它们与 R 一起使用,并且我认为我必须转换为 R 格式。例如:Plink 中的缺失值与 R 中的缺失值不同。
我如何转换这两个文件以在 R 中使用它们?如何将缺失值更改为 NA?
我的数据样本:
.ped 文件:
1 1 0 0 1.02 A A G G 0 0
1 2 0 0 0.51 T G C C A A
2 3 1 2 -9 0 0 A G T T
...
第一列是 id_family,第二列是 id_individual,第三和第四列是 id_individual 的父亲和母亲,第五列是数量性状(-9:缺失值),其余列是基因型(SNPs 等位基因)。列的缺失值为 0,但数量性状为 -9。
地图文件:
1 rs1 0 100000
1 rs2 0 100100
1 rs3 0 100200
第一列是 id 染色体(1-22、X、Y 或 0,如果未放置),第二列是 rs# 或 snp 标识符,第三列是遗传距离(摩根),第四列是碱基对位置(bp 单位)