r - 如何将稀疏矩阵转换为索引和非零元素值的矩阵

Question

sparseMatrix我们可以用或由非零元素的索引和值构造一个稀疏矩阵spMatrix。是否有任何函数将稀疏矩阵转换回所有非零元素的索引和值？例如

i <- c(1,3,5); j <- c(1,3,4); x <- 1:3
A <- sparseMatrix(i, j, x = x)

B <- sparseToVector(A)
## test case:
identical(B,cbind(i,j,x))

有什么功能可以做类似的工作sparseToVector吗？

Answer 1

您的矩阵A采用稀疏压缩格式（类dgCMatrix）。您可以通过以下方式将其强制转换为非压缩稀疏格式

A.nc <- as (A, "dgTMatrix")

或者，您可以giveCsparse = TRUE在sparseMatrix通话中指定。

三元组形式dgTMatrix基本上包含您在 slot i、j和中查找的所有内容x，i并且j索引是使用基于 0 的偏移量完成的：

> str (A.nc)
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:3] 0 2 4
  ..@ j       : int [1:3] 0 2 3
  ..@ Dim     : int [1:2] 5 4
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..@ x       : num [1:3] 1 2 3
  ..@ factors : list()

> cbind (i = A.nc@i + 1, j = A.nc@j + 1, x = A.nc@x)
     i j x
[1,] 1 1 1
[2,] 3 3 2
[3,] 5 4 3
> all (cbind (i = A.nc@i + 1, j = A.nc@j + 1, x = A.nc@x) == cbind (i, j, x))
[1] TRUE

Answer 2

summary(A)
# 5 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix", with 3 entries 
#   i j x
# 1 1 1 1
# 2 3 3 2
# 3 5 4 3

您可以轻松地将其传递给as.data.frameor as.matrix：

---

sparseToVector <- function(x)as.matrix(summary(x))
B <- sparseToVector(A)
## test case:
identical(B,cbind(i,j,x))
# [1] TRUE

Answer 3

which与 一起使用arr.ind：

idx <- which(A != 0, arr.ind=TRUE)
cbind(idx, A[idx])
#      [,1] [,2] [,3]
# [1,]    1    1    1
# [2,]    3    3    2
# [3,]    5    4    3