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我试图弄清楚如何在没有任何运气的情况下将输出通过管道传输到 mysqlimport 中。我有一个巨大的文件(~250 GB),我想在处理它后通过管道传输到 mysqlimport。我不想创建中间文件/表。我在想象这样的事情:

猫基因组.mpileup | nawk 'sub("^...","")' | mysqlimport -uuser -ppassword 数据库

但显然这是行不通的。关于如何做到这一点的任何建议?

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它看起来不像 mysqlimport 可以从 STDIN 读取,但您也许可以尝试使用命名管道。像这样的东西(未经测试)

mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile

或者你可以使用bash的扩展来运行命令而不是文件

mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)
于 2013-04-05T19:41:41.873 回答