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我正在寻找一种简单的“设置并忘记它”的方式，可以作为终端中的单个参数字符串或简单的 Java 程序，以自动化以下操作：

1) 开始一个 R 会话

2) 告诉 R 获取包含用于冗长并行模拟的代码的 .R 文件

3) 完成后终止 R 会话

4) 开始一个新的 R 会话

5) 告诉 R 获取其他 .R 文件

6) 完成后终止 R 会话

7) 起泡、冲洗、重复

我的 .R 脚本总共需要几天时间才能运行，在此期间我将出城并且无法检查它们，如果我在同一个会话中运行它们，我无法避免最大化我的可用内存。

谢谢！

编辑：我在 Ubuntu 12.04 LTS 上运行 R 2.15.3，具有 16GB RAM

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3 回答 3

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启动和终止 R 会话的过程是使用Rscript. 所以写你的脚本这样称呼它们：

Rscript script_1.R
Rscript script_2.R
...
Rscript script_Inf.R

剩下第 2 点和第 5 点......这是一个简单的问题：

source('/home/sc_evans/script_abc.R')

...在任何脚本的开头。

每个脚本都将获得自己的 R 会话，该会话将在完成后终止。将这些命令放入批处理脚本并运行它。

编辑

如果我自己这样做，我会忘记使用单独的脚本。只要您正确管理内存，运行单个进程就可以正常工作。将您的流程划分为适当的功能：

massive_process_1 <- function() {
  x <- do_something()
  saveRDS(x, '/home/sc_evans/results/first_result.rds')      
}

massive_process_2 <- function() {
  x <- do_something()
  saveRDS(x, '/home/sc_evans/results/second_result.rds')      
}

massive_process_1()
massive_process_2()

等等。下一个函数在第一个函数完成之前不会运行，并且您的对象应该在函数中消失，因此您不应该耗尽内存。

于 2013-04-05T15:41:31.243 回答
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您可以查看此解决方案http://www.rforge.net/JRI

于 2013-04-05T16:59:14.717 回答
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如果我们将较长的 R 脚本放入循环并将所有重复的代码部分放入循环中，则不需要启动和终止 R 会话的过程。无需开始会话，您只需执行以下前三个步骤：

  1. 使用write.csv方法 [文件写入] 来保存您的 Rscripts 的结果。

  2. 用于使用Sys.time(seconds)“base”包延迟或中断短秒

  3. 通过使用更重要的包“mise”来清除控制台和无花果工作区，以释放已执行脚本的对象空间。

  4. 我们也可以为声音“beepr”包method:beep(3)。

在此之后我的较长脚本执行不会终止我希望这对你有帮助

于 2020-06-05T14:42:09.550 回答