pbs - 强制 qsub (PBS) 在退出前等待作业结束

Question

我一直在使用 Sun Grid Engine 在集群的一个节点上运行我的作业。

通常我会在退出之前等待工作完成并使用：

qsub -sync yes perl Script.pl

但是现在我不再使用 Sun Grid Engine，而是使用 PBS Pro 10.4

我找不到-sync 的相应指令。

有人可以帮助我吗？提前致谢

Answer 1

PBSPro 没有 -sync 等效项，但您可以使用 -I 选项结合使用 expect 来告诉它运行什么代码以获得相同的效果。

Answer 2

PBS的等价物-sync是-Wblock=true.

这可以防止 qsub 在作业完成之前退出。需要这个可能是不寻常的，但我发现它在使用一些不是为 HPC 设计的软件时很有用。该软件执行多个同时运行的工作程序实例。但是，它必须等待一个（或有时更多）实例完成，并对结果进行一些处理，然后再生成下一个。如果工作程序在没有写入特定文件的情况下完成，则假定它已失败。我能够为工作程序编写一个包装脚本qsub，并使用该-Wblock=true选项使其等待工作程序作业完成。