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我需要打开一个 R 脚本并为其提供由单独的 python 脚本制定的输入。该subprocess模块似乎是做到这一点的好方法。

不过，我遇到了一些令人费解的结果，即我显然只能通过p.stdin. 这是我到目前为止所拥有的：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(['r --no-save'],stdin=PIPE,stdout=PIPE,stderr=PIPE,shell=True)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput')

当我运行此代码时会发生什么情况是第一个实例stdin.write()按预期执行（并打开我的 R 脚本），但第二行什么也不做，并且子进程（实际上是 R 脚本）退出并出现错误，表明子进程在预期输入的地方没有收到任何输入，因此被终止。

NB - 在一个完美的世界里，我会直接通过 R 进行交互，但是这个特定的脚本需要复杂的输入，而不能出于实际目的直接输入。此外，rpy / rpy2 不是一个选项，因为此脚本的最终用户不一定有权访问该模块或其依赖项。rscript也不是一种选择（出于多种原因，但主要是因为最终用户 R 配置的可变性）。

最后，p.communicate这不是一个选项，因为显然这将在写入后关闭进程，我需要保持打开状态。

提前致谢

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您需要致电.communicate()：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(
    ['r', '--nosave'],
    stdin=PIPE,
    stdout=PIPE,
    stderr=PIPE)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput\n')
p.stdin.write('q\n')

stdout, stderr = p.communicate()

print '---STDOUT---'
print stdout
print '---STDERR---'
print stderr
print '---'

讨论

  • 我不使用它，shell=True而且它似乎与我的假 R脚本一起工作，因为我的系统中没有安装 R。您可能需要也可能不需要它。
  • 我更喜欢将命令行分解成一个字符串列表，如图所示，但是单个字符串r --nosave也可以使用；只是不要同时做这两个。
  • 不要忘记stdin.write()不写换行符\n，你必须自己提供。

更新

我的第一次尝试不成功，我希望第二次尝试更接近。正如 JF Sebastian 建议的那样，您可能想要使用pexpect：

import pexpect
import sys

if __name__ == '__main__':
    prompt = '> ' # Don't know what the R prompt looks like
    lines = ['one', 'two', 'three']

    r = pexpect.spawn('r --no-save', logfile=sys.stdout)
    for line in lines:
        r.expect(prompt)
        r.sendline(line)

    # If you want to interact with your script, use these two lines
    # Otherwise, comment them out
    r.logfile = None # Turn off logging to sys.stdout
    r.interact()

讨论

  • 您可能需要安装pexpect. 我做到了pip install pexpect
  • 如果您不想与系统交互，请注释掉最后两行，但请确保发送一些信号让 R 脚本退出。
  • spawn()返回一个对象，请参阅此处spawn的文档。
于 2014-04-11T21:46:16.813 回答