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我有一个这样的文件名列表：

T0rain.Zfp691_0895.2_v2_deBruijn.txt
Train.Hbp1_2241.2_v2_deBruijn.txt
Train.Zfp740_0925.2_v2_deBruijn.txt
Train.Hbp1_2241.3_v1_deBruijn.txt
Train.Zfp740_0925.3_v1_deBruijn.txt
Train.Hic1_2816.2_v1_deBruijn.txt
Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt

我想提取火车之间的所有名称。和_这样：

Zfp691
Hbp1
Zfp740
Hbp1
zfp740
Hic1
Zic1

比我有另一个文件列表：

Zfp691.pwm.txt
Hbp1.pwm.txt
Zfp740.pwm.txt
Hbp1.pwm.txt
zfp740.pwm.txt
Hic1.pwm.txt
Zic1.pwm.txt
Zic1.pwm.RC.txt

我想提取所有匹配的案例，例如：

Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt 匹配 Zic1.pwm.txt 和 Zic1.pwm.RC.txt

这些输出参数被传递给我的 R 脚本。所以SH脚本应该返回参数=

$i (Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt) +  $j Zic1.pwm.txt
$i (Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt) +  $j Zic1.pwm.RC.txt

我不知道这是否可能。我开始尝试这个：

#!/bin/bash

for i in input/*/testtrain/Train*deBruijn.txt
do
    $i 
done

for j in input/All_PWMs/*/*.txt
do
    $j 
done

echo qsub script3.sh $i $j

在这里，我尝试将参数提供给 script3.sh，但这只会返回 1 个组合。任何人的提示或提示？喜欢如何匹配/grep名称。或者传递参数的不同方式。

Script3.sh 用于在 linux 命令行中调用 R。因此，args 只是通过此文件传递以调用具有 debruijn 和 pwm 的 1 个组合的单个 R 作业。

r 脚本需要 1 个 debruijn.txt 和 1 个 pwm.txt 才能计算出我需要的值。所以对于这个例子，我将得到 2 种组合：

debruijn.txt and pwm1.txt   -----> pass the args to R as combination 1
debruijn.txt and pwm2.txt   -----> pass the args to R as combination 2
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珀尔：

#!/usr/bin/perl

@files=glob("*.*_*");

foreach $f (@files) {
  $f =~ /^[^\.]+\.([^_]+)_/;
  $pre = $1;
  @f2 = glob ("$1*");
  print "$f found files ".join(" ",@f2)."\n";
  system ("./script.sh",$f,@f2) && die ($!);
}

给出输出：

T0rain.Zfp691_0895.2_v2_deBruijn.txt found files Zfp691.pwm.txt
Train.Hbp1_2241.2_v2_deBruijn.txt found files Hbp1.pwm.txt
Train.Hbp1_2241.3_v1_deBruijn.txt found files Hbp1.pwm.txt
Train.Hic1_2816.2_v1_deBruijn.txt found files Hic1.pwm.txt
Train.Zfp740_0925.2_v2_deBruijn.txt found files Zfp740.pwm.txt
Train.Zfp740_0925.3_v1_deBruijn.txt found files Zfp740.pwm.txt
Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt found files Zic1.pwm.RC.txt Zic1.pwm.txt

我的“script.sh”是：

#!/bin/sh

echo Script got $0 $1 $2 $3

确保你 chmod 755 所有脚本等。

于 2013-03-26T14:13:40.937 回答