r - 成对图中的着色点

Question

我想根据某些行索引为配对图中的点着色。这是我用于绘制 1 个变量与另一个变量的代码。

cases<-which(rownames(data_no_na) %in% colnames(tumor_data))
controls<-which(rownames(data_no_na) %in% colnames(control_data))

plot(y=range(pca[,1]),x=range(pca[,2]),type='n',xlab="Principle Component 2",ylab="Principle Component 1", main="Iterative Thresholding Sparse PCA")

points(y=pca[cases,1], x=pca[cases,2], col = 'red' )
points(y=pca[controls,1], x=pca[controls,2], col = 'blue' );

一个简单的配对图类似于：

pairs(pca[,1:3])

编辑：示例：

cases<-1:10
controls<-11:20

pca<-matrix(c(rnorm(3*10,0,1),rnorm(3*10,5,1)),nrow=20,ncol=3)

Answer 1

像这样的东西？

cols <- character(nrow(iris))
cols[] <- "black"

cols[iris$Species %in% c("setosa","versicolor")] <- "blue"
cols[iris$Species == "virginica"] <- "red"
pairs(iris,col=cols)

Answer 2

我不确定@Roland 的答案是否适用于某些版本，但至少在我的 Windows R 3.4.2 中，它没有。

函数对有许多参数。其中一些用于指示映射到对角线、上面板和下面板的功能。默认情况下，它使用绘图（点）函数。

此函数有一个参数bg用于指定接受它的标记的填充颜色，例如pch = 21.

此外，使用 unclass 可以更有效地完成颜色映射。例如，使用两级因子变量：

colors <- c('black', 'red')[unclass(factor_variable)]

然后，这很神奇：

pairs(data, bg=colors)