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我对编程相当陌生。我正在尝试在 mac os x 10.5 上安装 biopython。

这就是我到目前为止所做的。
1. 安装 xcode
2. 安装 numpy
3. 在终端中运行这些命令
python setup.py build
python setup.py test

测试报告返回一个失败。

test_Tutorial ... FAIL
ERROR: Run tutorial doctests.

Traceback (most recent call last): File "test_Tutorial.py", line 152, in test_doctests ValueError: 4 Tutorial doctests failed: test_from_line_05671, test_from_line_06030, test_from_line_06190, test_from_line_06479

感谢您的任何帮助或建议。

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2 回答 2

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该文件 test_Tutorial.py 在主要 Biopython 教程和食谱的源代码中运行标记示例（http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html / http://biopython.org/DIST/docs/tutorial /Tutorial.pdf ) 检查示例是否按预期工作。在内部，它使用与 Python 的 doctest 示例相同的库。

test_Tutorial.py 失败的事实可能是一个无害的问题，有几个例子。

您使用的是哪个版本的 Biopython？如果这是正式版本，那么失败是意料之外的。如果它是来自 git 存储库的快照，那很不幸。如果你很好奇，你可以试试这个以查看更多信息：

$ cd Tests
$ python test_Tutorial.py

这种问题可能更容易在 Biopython 邮件列表http://biopython.org/wiki/Mailing_lists上讨论

于 2013-03-22T18:08:39.270 回答
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我发现建立一个好的编程环境最简单的方法是使用MacPorts，因为它有一个很好的方法来确保在安装时满足所有依赖项。不过，您需要熟悉终端和命令行。

  1. 为 OSX 10.5安装 MacPorts。也阅读文档。

  2. 重新开始。

  3. 打开 Terminal.app 并输入sudo port selfupdate以确保端口文件定义是最新的。

  4. 运行sudo port install py27-biopython以安装最新版本的 Python 2 (2.7.3) numpy、 和biopython. 这需要一段时间。

  5. 运行echo $PATH并确保/opt/local/bin和 /opt/local/sbin` 位于开头。他们应该是。

  6. 运行which python并确保它返回/opt/local/bin/python。如果没有，请运行sudo port install python_select并按照其说明选择您的默认 python 版本。

  7. 希望此时您可以运行python进入交互式解释器，并且import Bio不会出现任何错误。

祝你好运！

于 2013-03-22T17:55:48.220 回答